Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003040`

染色体: Chr04 坐标: 46901641-46903773 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003040`
名称	SmilChr04G003040
描述	uncharacterized SmilChr04G003040
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	46901641 - 46903773 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023524`
GeneID	`131023524`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023524`
原始查询	`LOC131023524`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG01250` - identity=42.6; qcov=0.131; evalue=4.04e-12; confidence=weak
Rice	`Os03g0643433` - identity=36.4; qcov=0.531; evalue=1.11e-50; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023524

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057809051.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057809051.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057809051.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809051.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809051.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:46901699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B87,C29
`Chr4:46901725`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B14,B50,B72
`Chr4:46901726`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B122,C8
`Chr4:46901726`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B122,C8
`Chr4:46901732`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	40	A1,A10,A23,A3,A6,A7,B102,B103,B106,B111,B113,B124,B136,B140,B16,B22,B26,B35,B37,B42,B43,B62,B66,B68,B69,B74,B85,C10,C15,C26,C42,C43,C50,C51,C55,C74,C80,C81,D2,D7
`Chr4:46901751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B42
`Chr4:46901762`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B60,C15,C70,C72,C79
`Chr4:46901763`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	B1,B101,B115,B124,B135,B48,B60,B78,B79
`Chr4:46901787`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr4:46901805`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B28,B76,B90
`Chr4:46901821`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,B109,B126,C20
`Chr4:46901829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809051.1

518 aa

259

518

RVT_1

PF00078 RVT_1 28-255 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809051.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	28	255	4.5e-32	112.3	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953068.1
ATGGATCTCCTCCAAGTTATGAAGGAGTTTCATACTCATGGGAGAATACCTAGAGGGGGAAATTCATCCTTCATTGTGTTGATTCCAAAAAAGGAGGAGGCTTGTTCGTTGGATGAATTCAGACCGATCTCTCTCATCACCAGCCTGTACAAGGTCATGGCTAAGATACTTGCAAATAGGCTTAGGTTGGTCATGGATTCTATTGTTTCAGACAACCAGAGTGCCTTCATTGGCGGCAGATTCATTCTTGACGGAGTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023524
ATGGATCTCCTCCAAGTTATGAAGGAGTTTCATACTCATGGGAGAATACCTAGAGGGGGAAATTCATCCTTCATTGTGTTGATTCCAAAAAAGGAGGAGGCTTGTTCGTTGGATGAATTCAGACCGATCTCTCTCATCACCAGCCTGTACAAGGTCATGGCTAAGATACTTGCAAATAGGCTTAGGTTGGTCATGGATTCTATTGTTTCAGACAACCAGAGTGCCTTCATTGGCGGCAGATTCATTCTTGACGGAGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809051.1
MDLLQVMKEFHTHGRIPRGGNSSFIVLIPKKEEACSLDEFRPISLITSLYKVMAKILANRLRLVMDSIVSDNQSAFIGGRFILDGVVILNEAIAEAKKRGKGRIVFKIDFAKAYDSVEWDFLDIMMDRLNFDPLWRKWIRGCISSASANVLVNGSPSGEFSLERGLRQGDPLSPFLFLIAAEGLHSLISRAVDRFLVQPAVIGRENLKISHLQYADDTIFLLGDDEDNAGAVKNILKIFQLLSGLSVNFNKSTLLGIEVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器