Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003259`

染色体: Chr04 坐标: 49304878-49307603 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003259`
名称	SmilChr04G003259
描述	uncharacterized SmilChr04G003259
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	49304878 - 49307603 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023551`
GeneID	`131023551`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023551`
原始查询	`LOC131023551`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0208400` - identity=42.2; qcov=0.487; evalue=3.63e-88; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02992 (Transposase_21); PF13952 (DUF4216); PF13960 (DUF4218)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023551

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809078.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809078.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809078.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809078.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057809078.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:49305074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr4:49305103`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr4:49305144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr4:49305178`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B78,C46
`Chr4:49305206`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B78,C46
`Chr4:49305207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr4:49305233`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B119,B69,B99,C11,C46,C5
`Chr4:49305250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,B99,C46,C5
`Chr4:49305255`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B69,B99,C5
`Chr4:49305301`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr4:49305371`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B100
`Chr4:49305384`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809078.1

760 aa

380

760

Transposase_21

DUF4218

DUF4216

PF02992 Transposase_21 53-263 aa PF13960 DUF4218 432-463 aa PF13952 DUF4216 630-698 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809078.1`	Pfam	`PF02992`	Transposase_21	Family	53	263	3.9e-95	317.8	Transposase family tnp2
`XP_057809078.1`	Pfam	`PF13960`	DUF4218	Domain	432	463	2.6e-16	60.2	Domain of unknown function (DUF4218)
`XP_057809078.1`	Pfam	`PF13952`	DUF4216	Domain	630	698	5.4e-22	78.8	Domain of unknown function (DUF4216)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953095.1
ATGTCAAGATGGAAGGTGAATAAGAAAGGTAAGGCTATGCCTGGAGTGCCGTCAAAAGTTCTGTGGTATTTTCCTCCAATACCAAGATTCAGAAGAATGTTTCGTACTCGGGAAATTGCGAAAGAGCTAGTTTGGCATGCAGATGAAAGAAAGCGTGACGGTAAGTTGCGTCATCCAGCTGATGCACCGGCTTGGAGATTAGTAGACAACAAATGGCCCGATTTCGGTAACGAACCCAGAAATCTTAGATTAGCTTTAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023551
ATGTCAAGATGGAAGGTGAATAAGAAAGGTAAGGCTATGCCTGGAGTGCCGTCAAAAGTTCTGTGGTATTTTCCTCCAATACCAAGATTCAGAAGAATGTTTCGTACTCGGGAAATTGCGAAAGAGCTAGTTTGGCATGCAGATGAAAGAAAGCGTGACGGTAAGTTGCGTCATCCAGCTGATGCACCGGCTTGGAGATTAGTAGACAACAAATGGCCCGATTTCGGTAACGAACCCAGAAATCTTAGATTAGCTTTAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809078.1
MSRWKVNKKGKAMPGVPSKVLWYFPPIPRFRRMFRTREIAKELVWHADERKRDGKLRHPADAPAWRLVDNKWPDFGNEPRNLRLALATDGMNPHNMMNSNYSCWPVVLVTYNLPPWLCMKRRFMMLTLLISGPKQPGNDIDVYLAPLIDDLKELWEIGIQAYDAHRSQSFTLRSVLLWTINDFPAYGNLSGCSVKGYKACPICADQTHSKWLPYSRKVSYTGHRQFLPESHPYRRQKKAFDGVQELRAAPKPLSGTEVFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器