Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003266`

染色体: Chr04 坐标: 49377857-49378797 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003266`
名称	SmilChr04G003266
描述	uncharacterized SmilChr04G003266
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	49377857 - 49378797 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023552`
GeneID	`131023552`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023552`
原始查询	`LOC131023552`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0672600; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os11g0672600; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=28.4; qcov=0.677; evalue=1.6e-18; confidence=low
Rice	`Os11g0672600` - identity=30.9; qcov=1.01; evalue=1.53e-36; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023552

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057809080.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057809080.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809080.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809080.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809080.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:49377873`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:49377895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A21,B22,B28,B66
`Chr4:49377895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B22,B28,B66
`Chr4:49377897`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B13,C27
`Chr4:49377918`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C71
`Chr4:49377928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	49	A2,A21,A23,A25,A3,A5,A7,B101,B112,B115,B12,B121,B129,B130,B16,B17,B24,B29,B33,B38,B39,B4,B40,B62,B63,B68,B7,B71,B81,B84,B87,C11,C15,C29,C32,C33,C37,C39,C46,C49,C50,C53,C68,C69,C78,C79,C80,C85,C9
`Chr4:49377929`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B76,C48,C56,C62
`Chr4:49377947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,C27,C44
`Chr4:49377951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A22,C27
`Chr4:49377951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,C27
`Chr4:49377959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr4:49377994`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,C48,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809080.1

291 aa

146

291

RVT_1

PF00078 RVT_1 16-155 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809080.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	16	155	4.7e-10	40.4	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953097.1
ATGCACTGGATTAGAAATAAGAAACATGGGCATGATAGTTTTGCAGCTGCAAAGTTGGACATGAGTAAAGCGTCTGACAGAGTTGAATGGAAATTTCTTCGTGCTATGTTGGTGATTCTCAGATTTCCACTTCCCCTGATTGATCTCGTTATGCAGTGTATTGGCACAGTGGAGTTTTCTTTTGTCATCAACAGTAAAGTTTATGGCTCGATCATCCCATCTCGGGGACTTCGTCAAGGCTGCCCTTTGTCCCATTTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023552
ATGCACTGGATTAGAAATAAGAAACATGGGCATGATAGTTTTGCAGCTGCAAAGTTGGACATGAGTAAAGCGTCTGACAGAGTTGAATGGAAATTTCTTCGTGCTATGTTGGTGATTCTCAGATTTCCACTTCCCCTGATTGATCTCGTTATGCAGTGTATTGGCACAGTGGAGTTTTCTTTTGTCATCAACAGTAAAGTTTATGGCTCGATCATCCCATCTCGGGGACTTCGTCAAGGCTGCCCTTTGTCCCATTTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809080.1
MHWIRNKKHGHDSFAAAKLDMSKASDRVEWKFLRAMLVILRFPLPLIDLVMQCIGTVEFSFVINSKVYGSIIPSRGLRQGCPLSHFLFVVCAHGFSSLLRHFENQDDSLIFLKANEQTADHLGNVFKIYEKASGQIINYEKSAISFSPNATEDVIEKVTASLGIIETAGHAVYLGLPTFIPRQKKLHFDYLRDRVAKKFRSWDHKLFSAGGKETLIKSVIQSIPTYTMSCFRIPVGVCSDIERECARFWWGDTADARKLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器