Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003332`

染色体: Chr04 坐标: 50023489-50024987 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003332`
名称	SmilChr04G003332
描述	purple acid phosphatase 3-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	50023489 - 50024987 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023560`
GeneID	`131023560`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023560`
原始查询	`LOC131023560`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	purple acid phosphatase 3-like
产物	purple acid phosphatase 3-like
Arabidopsis	`AT1G14700` (PAP3) purple acid phosphatase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838035] identity=54.5; qcov=0.914; evalue=3.47e-122; confidence=high
Rice	`Os11g0549620` (OsPAP7) - identity=52.1; qcov=0.932; evalue=5.12e-115; confidence=high
GO	GO:0003993 (acid phosphatase activity); GO:0008198 (ferrous iron binding); GO:0008199 (ferric iron binding)
KEGG	smil00740 (Riboflavin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00149 (Metallophos)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023560

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057809088.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057809088.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809088.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809088.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809088.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:50023573`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A5
`Chr4:50023573`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A5
`Chr4:50024022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr4:50024430`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B20,B64
`Chr4:50024457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr4:50024954`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B81,C21,C6
`Chr4:50024986`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A21,B113,B117,B131,B20,B44,B56,B67,B78,B85,B91,C13,C4,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809088.1

325 aa

162

325

Metallophos

PF00149 Metallophos 44-251 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809088.1`	Pfam	`PF00149`	Metallophos	Domain	44	251	2.8e-18	67.8	Calcineurin-like phosphoesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953105.1
ATGGCTGATACATACAGAAATTCGATTCCTCTGCTGCCATTGATGATATTTTGGCTGTGTCTCTGTCTAAGTGTTTCAGCTAAACTTGTGCAGATTCGACACCGTGTCAAAGACGAAAGCCAAGTGAGCTTCTTGGCTGTGGGGGACTGGGGAAGGAAGGGAGGCTACAATCAATCTGCCGTGGCTCGAAGCATGGGCGTGATCGGGGATAAGCTAGGCATCGAGTTTGTGATCTCGACCGGTGATAACTTCTACAGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023560
ATGGCTGATACATACAGAAATTCGATTCCTCTGCTGCCATTGATGATATTTTGGCTGTGTCTCTGTCTAAGTGTTTCAGCTAAACTTGTGCAGATTCGACACCGTGTCAAAGACGAAAGCCAAGTGAGCTTCTTGGCTGTGGGGGACTGGGGAAGGAAGGGAGGCTACAATCAATCTGCCGTGGCTCGAAGCATGGGCGTGATCGGGGATAAGCTAGGCATCGAGTTTGTGATCTCGACCGGTGATAACTTCTACAGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809088.1
MADTYRNSIPLLPLMIFWLCLCLSVSAKLVQIRHRVKDESQVSFLAVGDWGRKGGYNQSAVARSMGVIGDKLGIEFVISTGDNFYSDGLTGTNDSAFAESFTKVYSARSLQKPWYAILGNHDYHGNTEAQLSPLLKKRDSRWNCFRSFTIQAGFLQIFLIDTNPFVDKYFLKTPSNFNWKGVLPRNKYLSNLLQDFKTALRASKATWKIVVGHHPIRSIGQRGDTVELLKYILPILQENKVPIYINGHDHCLEHINNIGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器