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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002124

染色体: Chr01 坐标: 37236574-37239880 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002124
名称SmilChr01G002124
描述UDP-glycosyltransferase 87A1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37236574 - 37239880 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023566
GeneID131023566
locus_tag-
NCBI NameLOC131023566
原始查询LOC131023566

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 87A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 87A1-like
ArabidopsisAT2G30150 (AT2G30150)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817567]
identity=48.8; qcov=0.917; evalue=5.64e-155; confidence=high
RiceOs01g0805500 (OsUGT87C1)
-
identity=48.4; qcov=0.77; evalue=8.19e-111; confidence=high
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023566

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057809093.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057809093.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809093.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809093.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809093.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37236822 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 76 A10,A15,A16,A19,A20,A21,A25,A6,A7,B101,B105,B108,B109,B115,B117,B121,B122,B124,B127,B13,B131,B132,B133,B134,B136,B14,B15,B16,B22,B25,B27,B28,B30,B31,B34,B37,B38,B41,B42,B43,B45,B52,B58,B65,B67,B69,B70,B77,B79,B8,B83,B87,B91,B94,C1,C17,C20,C29,C31,C4,C42,C49,C53,C54,C57,C59,C61,C65,C70,C71,C74,C75,C78,C85,C86,D9
Chr1:37236850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B11
Chr1:37236853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C1,C17,C31,C4,C49
Chr1:37236871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,C86
Chr1:37236878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr1:37236879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr1:37236880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C12,D3
Chr1:37237077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:37237206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr1:37237248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:37237310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C9
Chr1:37237375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C1,C17,C31,C4,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809093.1
496 aa
N
1
248
496
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 287-414 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809093.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 287 414 1.7e-22 80.6 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101451.1
GTCGATCGATCATTCCACATTGGCAGCTAGGCGAACACGAAAGCAATTTGAGAAAAGTTGAAAGAATACAAAATTTGTGTATTTAAATTTAAAAAATAAAAATTAGTATAAGAAAAACTTAAAAAAATACCGAAATGGGGTTGGTGAGTGATGATAATTGCGGGCCGGGGGATTGTATCAATACGGATAATATAGTCGAGAAAGTGAAACAGCTCATGACGCAGGCGGCGAATAGCGAGGCAATGAATGAGCGGCACGTG...
XM_057953110.1
TACCGAAATGGGGTTGGTGAGTGATGATAATTGCGGGCCGGGGGATTGTATCAATACGGATAATATAGTCGAGAAAGTGAAACAGCTCATGACGCAGGCGGCGAATAGCGAGGCAATGAATGAGCGGCACGTGGTGGCCGTGCCGTATCCGGGCAGAGGCCACATCAACCCTATGATGAATCTGTGCAAGCTGCTCGCGACTTCCAAGCCGGATCTCCTCATCACCATCGTCCTCACGGAGGAGTGGCTCGGCTTGATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023566
ATGGGGTTGGTGAGTGATGATAATTGCGGGCCGGGGGATTGTATCAATACGGATAATATAGTCGAGAAAGTGAAACAGCTCATGACGCAGGCGGCGAATAGCGAGGCAATGAATGAGCGGCACGTGGTGGCCGTGCCGTATCCGGGCAGAGGCCACATCAACCCTATGATGAATCTGTGCAAGCTGCTCGCGACTTCCAAGCCGGATCTCCTCATCACCATCGTCCTCACGGAGGAGTGGCTCGGCTTGATCGGCGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809093.1
MGLVSDDNCGPGDCINTDNIVEKVKQLMTQAANSEAMNERHVVAVPYPGRGHINPMMNLCKLLATSKPDLLITIVLTEEWLGLIGAEEKPPSIRFATIPNVLPSELERAADMPSFVGATQTKMGEPFERLMDRLIEPIHLIIADTFLLWAVDFGNRRNIPVASLWPMPASVFSLFYHFDLLKRNAHYPFHLSERGDERIDYVPGIASIRLADIPSIASMKDERLLGYALGVFSNISKAQYLLLSSIYELESQVIQALNQE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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