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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003424

染色体: Chr04 坐标: 50827045-50829317 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003424
名称SmilChr04G003424
描述glycine-rich cell wall structural protein-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向50827045 - 50829317 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023571
GeneID131023571
locus_tag-
NCBI NameLOC131023571
原始查询LOC131023571

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich cell wall structural protein-like
产物glycine-rich cell wall structural protein-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023571

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057809098.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057809098.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057809098.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057809098.1
5 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057809098.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:50827056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr4:50827111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B139,B83,C46,C57,C84
Chr4:50829060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:50829074 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 2 A4,B136
Chr4:50829074 G GC 1bp_insertion CDS_variant 2 A4,B136
Chr4:50829107 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 19 A1,A16,A7,B13,B131,B60,B62,B71,B72,B90,C1,C2,C21,C40,C62,C67,C80,C86,C87
Chr4:50829124 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 C53,D1
Chr4:50829124 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 C53,D1
Chr4:50829183 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 D5
Chr4:50829183 CCA C 2bp_deletion CDS_variant 1 D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953115.1
ATGGAGAGCGAGAGCGTTGGGCGGTTGGCGGGTGGCTGGGCGGGGCGTGGCTGGCGGGGTGTGGCTGGCGGGGTGGCAGCGCTGGCGGGTGGCAGCGCTGCCGGGTGGCTGGGCGGGGTGGCTGGCGGGGTGTGGCTGGCGGGGTGGCAGCGCTGGCGGGTGGCAGCGCTGCCGGGTGGCTGGGCGGTGTGGCTGGCTGGCAGTTCGGGGTGGCAGCGCTGGCGGGTGGCAGCGCTGCCGGGGCGTGCTGCGGTTGGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023571
ATGGAGAGCGAGAGCGTTGGGCGGTTGGCGGGTGGCTGGGCGGGGCGTGGCTGGCGGGGTGTGGCTGGCGGGGTGGCAGCGCTGGCGGGTGGCAGCGCTGCCGGGTGGCTGGGCGGGGTGGCTGGCGGGGTGTGGCTGGCGGGGTGGCAGCGCTGGCGGGTGGCAGCGCTGCCGGGTGGCTGGGCGGTGTGGCTGGCTGGCAGTTCGGGGTGGCAGCGCTGGCGGGTGGCAGCGCTGCCGGGGCGTGCTGCGGTTGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809098.1
MESESVGRLAGGWAGRGWRGVAGGVAALAGGSAAGWLGGVAGGVWLAGWQRWRVAALPGGWAVWLAGSSGWQRWRVAALPGRAAVGGCVAGLDGWHFGVAALAGGSAAGRGLGARRAGLSSAEFGSAGLDSAELINADFGKARRDELSCVGLGSAAFGGAGLGKAGLCSAALVKG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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