当前解析结果
SmilChr01G002126| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002126 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002126 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 87A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 37252822 - 37256615 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023587 |
|---|---|
| GeneID | 131023587 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023587 |
| 原始查询 | LOC131023587 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 87A1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 87A1-like |
| Arabidopsis | AT2G30150 (AT2G30150)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817567] identity=47.5; qcov=0.98; evalue=1.97e-147; confidence=high |
| Rice | Os01g0805400 (OsEnS-18)- identity=41.2; qcov=1; evalue=1.35e-108; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023587 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057809116.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057809116.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809116.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809116.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809116.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:37252999 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 181 | A1,A10,A11,A13,A14,A15,A18,A2,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A8,B10,B100,B101,B103,B104,B106,B108,B109,B11,B110,B112,B113,B114,B117,B119,B12,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B134,B136,B137,B138,B139,B140,B15,B17,B19,B2,B21,B22,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B61,B62,B63,B66,B68,B69,B70,B71,B73,B76,B78,B79,B8,B85,B86,B87,B88,B9,B90,B92,B93,B94,B95,B96,C1,C10,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C49,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C58,C6,C60,C62,C63,C65,C67,C68,C71,C73,C74,C75,C76,C77,C81,C82,C83,C84,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D6 |
Chr1:37253008 |
GAC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 16 | A21,B10,B119,B136,B17,B29,B5,B51,B58,B71,B95,C15,C27,C54,C56,C87 |
Chr1:37253201 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B91,C57,C75 |
Chr1:37253354 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B46,B84,C76 |
Chr1:37253448 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr1:37253450 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C1,C17,C31,C4,C49 |
Chr1:37253491 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:37253782 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C14,C74 |
Chr1:37256000 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B111 |
Chr1:37256031 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C32,C68,C8 |
Chr1:37256064 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A20,B18,B28 |
Chr1:37256064 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | A20,B18,B28 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809116.1PF00201
UDPGT 261-384 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809116.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 261 | 384 | 1.4e-21 | 77.6 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。