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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003561

染色体: Chr04 坐标: 51974384-51975367 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003561
名称SmilChr04G003561
描述glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向51974384 - 51975367 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023593
GeneID131023593
locus_tag-
NCBI NameLOC131023593
原始查询LOC131023593

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T3-like
产物glutathione S-transferase T3-like
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=26.5; qcov=0.566; evalue=6.33e-11; confidence=low
RiceOs09g0241700
-
identity=26; qcov=0.859; evalue=2.61e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023593

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809120.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809120.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809120.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809120.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809120.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:51974391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C67
Chr4:51974392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr4:51974431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C24,C51
Chr4:51974446 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C75
Chr4:51974446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr4:51974448 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 100 A1,A13,A19,A2,A3,A7,B104,B105,B106,B108,B109,B110,B111,B114,B115,B119,B121,B123,B124,B127,B132,B135,B136,B14,B140,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B28,B29,B3,B4,B42,B44,B5,B50,B55,B56,B6,B60,B62,B7,B72,B73,B74,B78,B79,B80,B84,B87,B88,B91,B94,B95,B96,B99,C10,C11,C12,C13,C15,C17,C19,C2,C21,C28,C33,C41,C43,C44,C47,C5,C51,C54,C56,C59,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C69,C70,C71,C73,C75,C76,C77,C8,C81,C83,C86,C87,D6,D8
Chr4:51974487 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C60
Chr4:51974487 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C60
Chr4:51974488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C14
Chr4:51974524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr4:51974533 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 10 A13,A18,B131,B21,B44,B67,B85,B90,B92,C68
Chr4:51974577 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 8 A14,A5,B12,B13,B27,B35,C27,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953137.1
ATGGATCGAGGCAATAATTCTTTCTTCAACTCTCAAAATTTCAACCCCTCCCAAGACTATTATCCAAATCTTGCTGATATTCCAAGCTCCAATGAATTCCCAGAGTTTGATTATGCTATGAATTCAGAATTCTCGCAGAATCCTACTGATTCTCCTATTTCTGAATATCACCAAACCTCTGAAAATTTTTCTGCAAACCCTTCCAACAATGCGCAAAGTTGGACTGATATAGAAGATATATCACTAATGTCTGCTTGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023593
ATGGATCGAGGCAATAATTCTTTCTTCAACTCTCAAAATTTCAACCCCTCCCAAGACTATTATCCAAATCTTGCTGATATTCCAAGCTCCAATGAATTCCCAGAGTTTGATTATGCTATGAATTCAGAATTCTCGCAGAATCCTACTGATTCTCCTATTTCTGAATATCACCAAACCTCTGAAAATTTTTCTGCAAACCCTTCCAACAATGCGCAAAGTTGGACTGATATAGAAGATATATCACTAATGTCTGCTTGGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809120.1
MDRGNNSFFNSQNFNPSQDYYPNLADIPSSNEFPEFDYAMNSEFSQNPTDSPISEYHQTSENFSANPSNNAQSWTDIEDISLMSAWCFVSNNPIVGTNRNSKSFWKTVADMYEQSRADNPEIGGRRSVESLRNRYKRLNKNVTLWVAAYKKAYERRASGQSKEDIEKAAQAIYGKPKFTHHEVFEKVMSSYPNWELKLDSTGYVRRSHPDDEDSVDESRSSSKKSRTDENADPPTDSTPETPGSDASKFQRPIGRDKAKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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