当前解析结果
SmilChr04G003561| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003561 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003561 |
| 描述 | glutathione S-transferase T3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 51974384 - 51975367 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023593 |
|---|---|
| GeneID | 131023593 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023593 |
| 原始查询 | LOC131023593 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase T3-like |
| 产物 | glutathione S-transferase T3-like |
| Arabidopsis | AT3G47680 (AT3G47680)DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922] identity=26.5; qcov=0.566; evalue=6.33e-11; confidence=low |
| Rice | Os09g0241700- identity=26; qcov=0.859; evalue=2.61e-11; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023593 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057809120.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809120.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809120.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057809120.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057809120.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:51974391 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,C67 |
Chr4:51974392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr4:51974431 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B34,C24,C51 |
Chr4:51974446 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C75 |
Chr4:51974446 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr4:51974448 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 100 | A1,A13,A19,A2,A3,A7,B104,B105,B106,B108,B109,B110,B111,B114,B115,B119,B121,B123,B124,B127,B132,B135,B136,B14,B140,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B28,B29,B3,B4,B42,B44,B5,B50,B55,B56,B6,B60,B62,B7,B72,B73,B74,B78,B79,B80,B84,B87,B88,B91,B94,B95,B96,B99,C10,C11,C12,C13,C15,C17,C19,C2,C21,C28,C33,C41,C43,C44,C47,C5,C51,C54,C56,C59,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C69,C70,C71,C73,C75,C76,C77,C8,C81,C83,C86,C87,D6,D8 |
Chr4:51974487 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C60 |
Chr4:51974487 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr4:51974488 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,C14 |
Chr4:51974524 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr4:51974533 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 10 | A13,A18,B131,B21,B44,B67,B85,B90,B92,C68 |
Chr4:51974577 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A14,A5,B12,B13,B27,B35,C27,C42 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。