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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003736`

染色体: Chr04 坐标: 53670595-53674308 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003736`
名称	SmilChr04G003736
描述	uncharacterized SmilChr04G003736
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	53670595 - 53674308 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023618`
GeneID	`131023618`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023618`
原始查询	`LOC131023618`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alanine-tRNA ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819113]; symbol=AT2G45060; hit=AT2G45060; species=arabidopsis; confidence=high
产物	alanine-tRNA ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819113]; symbol=AT2G45060; hit=AT2G45060; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G45060` (AT2G45060) alanine-tRNA ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819113] identity=53.6; qcov=0.984; evalue=3.67e-86; confidence=high
Rice	`Os02g0104800` (OJA1212_C06.19) - identity=38.4; qcov=0.702; evalue=4.6e-36; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF27724 (RHIP1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023618

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057809142.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057809142.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809142.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809142.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809142.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:53670722`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B10,B75,C86
`Chr4:53670739`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr4:53671742`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr4:53671957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B10,B75,C86
`Chr4:53672097`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr4:53672455`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:53672483`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	143	A1,A10,A13,A15,A16,A18,A19,A21,A23,A24,A25,A8,B10,B100,B104,B107,B11,B111,B113,B117,B118,B119,B12,B121,B123,B124,B125,B129,B133,B135,B136,B138,B139,B14,B18,B19,B2,B23,B26,B29,B3,B30,B32,B34,B35,B37,B40,B45,B47,B48,B5,B51,B52,B54,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B63,B64,B66,B69,B72,B73,B74,B77,B78,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B96,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C16,C18,C19,C2,C20,C22,C25,C26,C28,C29,C30,C32,C34,C37,C4,C42,C44,C45,C46,C50,C52,C53,C54,C55,C56,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C76,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C87,C9,D1,D3,D4,D5
`Chr4:53672485`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	143	A1,A10,A13,A15,A16,A18,A19,A21,A23,A24,A25,A8,B10,B100,B104,B107,B11,B111,B113,B117,B118,B119,B12,B121,B123,B124,B125,B129,B133,B135,B136,B138,B139,B14,B18,B19,B2,B23,B26,B29,B3,B30,B32,B34,B35,B37,B40,B45,B47,B48,B5,B51,B52,B54,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B63,B64,B66,B69,B72,B73,B74,B77,B78,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B96,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C16,C18,C19,C2,C20,C22,C25,C26,C28,C29,C30,C32,C34,C37,C4,C42,C44,C45,C46,C50,C52,C53,C54,C55,C56,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C76,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C87,C9,D1,D3,D4,D5
`Chr4:53673854`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr4:53673880`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr4:53673929`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809142.1

252 aa

126

252

RHIP1

PF27724 RHIP1 22-252 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809142.1`	Pfam	`PF27724`	RHIP1	Family	22	252	2.7e-81	273.6	RGS1-HXK1-interacting protein 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953159.1
AACAAAGAAATTGAAAAAAAAAAAAAACAAAGAAATTGAAAACCTCGGAAGAATTGAGCAACTGAGCTTTGATATCGAAACGCGAAAATGTCAGCAATCGCCGGCGAATCATCGGGAGAATTTCCGACGGAAAATCCGACAAACGATAAAGTAGCGGAGAATATTCCATGGGCAGACTACGCTTTGCAGCAAGCACAAATTGCGCAGAAGACCGTCGAGACCACCCTAGAGAATGCAATCGAAGTCACCAGATCGCGCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023618
ATGTCAGCAATCGCCGGCGAATCATCGGGAGAATTTCCGACGGAAAATCCGACAAACGATAAAGTAGCGGAGAATATTCCATGGGCAGACTACGCTTTGCAGCAAGCACAAATTGCGCAGAAGACCGTCGAGACCACCCTAGAGAATGCAATCGAAGTCACCAGATCGCGCGTTGATCGCATCCTCACCACATCGTCCGCACATTTCAATCAAACCATTGACTCTCTGCAGGATTTAAAGTCTGAGTTTAGCACATATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809142.1
MSAIAGESSGEFPTENPTNDKVAENIPWADYALQQAQIAQKTVETTLENAIEVTRSRVDRILTTSSAHFNQTIDSLQDLKSEFSTYEDIAFAKIKEGFLLAYSHPLIVTGAVVGVGSLGLKRTRQFLSYKTMRIFFNDQTLLSRADARVKELRQSIELLKGEVKKRALQAEEDLVRGRTKLRQAGKQIQGVISSAYKIERQARGLKDALSEFPSREASRFQTEVANLAKEAKKERNALSKEVAKISNHGISV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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