Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003789`

染色体: Chr04 坐标: 54059674-54077830 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003789`
名称	SmilChr04G003789
描述	uncharacterized SmilChr04G003789
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54059674 - 54077830 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023627`
GeneID	`131023627`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023627`
原始查询	`LOC131023627`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0152500; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os01g0152500; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os01g0152500` - identity=22.8; qcov=0.746; evalue=1.64e-11; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF29561 (DUF8566)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023627

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809153.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057809153.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809153.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809153.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057809153.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54074915`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B140,C2,C26,C82
`Chr4:54074935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B20
`Chr4:54074938`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr4:54075038`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B140,C2,C82
`Chr4:54075066`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B3,C46
`Chr4:54075088`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr4:54075250`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr4:54075252`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr4:54075359`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,C2,C26,C82
`Chr4:54075370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:54075529`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr4:54075578`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809153.1

611 aa

306

611

DUF8566

PF29561 DUF8566 162-361 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809153.1`	Pfam	`PF29561`	DUF8566	Domain	162	361	1.1e-51	176.2	Domain of unknown function (DUF8566)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953170.1
CCGCAGTCAAAAAACCGCAGTCGACGGAAGACCCATCTGTGCAGTCGACGGAGGACCCATCTGCACGCCGGCGACGAAGGACCCATCTGCACGCCGGCGCCGATCTGTGTTCTCCGGCAACGGTTTCACAGATCTGTGCAAGTGTTGTGCAGTCGACGGAGGACCCATCTGCACGCCGGCGACGAAGGACCCATCTGCACGCCGGCGCCGATCTGTGTTCTCCGGCAACGGTTTCACAGATCTGTGCAAGTGAGGTGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023627
ATGCCTCGTGGGAAGAAATCATCTGCGAGAATGGTTAATAAAGAGCGTCCAAATGATGACACTGGTGAACGTCTTGAGGAATTCTACAATATTTTAGCTGATAAAGTTGCTGATTGTATCCTCAAAAATCGGCGGAAAGATGTTAGTAACTCAACCCGTAAAGAAAATGATGGTCCAAGTAATGAGCAAAATGGAACTGATGACGCTGAAGTTAATGCATCTACAATTATTGCTGAGTGTATGGAAGCTACGAGTGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809153.1
MPRGKKSSARMVNKERPNDDTGERLEEFYNILADKVADCILKNRRKDVSNSTRKENDGPSNEQNGTDDAEVNASTIIAECMEATSAKKKGKEKANASLEDTLLNEERVINARNRVVRKINEALCSNDDDFVEEGLNEKNTENVGPKDTVQKEGNIHPMLRSRGSPSHLHKLISSLNDTQKEAVKHIGFGGLLHLQINELPTKLAYWVIKSFDRKELMIQLCNGKFIKVTEEDVQRVFGFPRGPNLIESVEAKQKHTLKDQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器