Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003862`

染色体: Chr04 坐标: 54554206-54556288 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003862`
名称	SmilChr04G003862
描述	uncharacterized SmilChr04G003862
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54554206 - 54556288 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023635`
GeneID	`131023635`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023635`
原始查询	`LOC131023635`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814794]; symbol=AT2G02650; hit=AT2G02650; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814794]; symbol=AT2G02650; hit=AT2G02650; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G02650` (AT2G02650) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814794] identity=28.6; qcov=0.389; evalue=4.08e-06; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023635

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057809163.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057809163.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057809163.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809163.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809163.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54554811`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B27,B87
`Chr4:54554875`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C63
`Chr4:54554892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B122,B140,B84,C48
`Chr4:54554892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B140,B84,C48
`Chr4:54554899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C63
`Chr4:54554907`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B130,B6,C63
`Chr4:54554907`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B130,B6,C63
`Chr4:54554932`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr4:54554959`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	19	A7,B104,B109,B11,B113,B119,B2,B33,B34,B48,B49,B64,B69,B86,B91,C14,C34,C39,C78
`Chr4:54555040`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	144	A10,A11,A13,A16,A18,A20,A22,A23,A24,A25,A3,A5,A6,A7,B1,B100,B101,B103,B104,B105,B107,B109,B11,B110,B112,B113,B114,B119,B12,B121,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B135,B136,B16,B2,B21,B23,B25,B27,B28,B30,B32,B33,B35,B36,B4,B40,B41,B42,B48,B49,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B63,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B72,B75,B77,B79,B8,B80,B82,B83,B85,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B95,B96,B98,C10,C11,C15,C16,C17,C18,C24,C25,C26,C27,C28,C30,C32,C33,C34,C36,C37,C39,C4,C42,C43,C46,C48,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C58,C6,C62,C63,C67,C68,C69,C7,C72,C77,C78,C79,C8,C82,C84,C86,D10,D11,D2,D4,D5,D6,D7,D9
`Chr4:54555838`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr4:54555841`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953180.1
ATGCTGAAGAAGCTCATAAAACAGTTCATCAAACTTTTGAACTCACTTCCGCCGTCGTTCCACGCTCTTCGGAAAGATCTCAGACCGCTCGCACGCGGATCCAGACAAGCGCCGCGGGAAAGTTATCCACTCCAAGTTCCGGCAAGCCAAACTGACCGGAGAAGAAGACAGCGGCCGGAACGCCGGAATTCGCGGGACTTGAAAAAATTCTCGGCGCGCCGACGGCGGCGGTGCGGCGGAGGAGAGCGGGGAGGGTTTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023635
ATGCTGAAGAAGCTCATAAAACAGTTCATCAAACTTTTGAACTCACTTCCGCCGTCGTTCCACGCTCTTCGGAAAGATCTCAGACCGCTCGCACGCGGATCCAGACAAGCGCCGCGGGAAAGTTATCCACTCCAAGTTCCGGCAAGCCAAACTGACCGGAGAAGAAGACAGCGGCCGGAACGCCGGAATTCGCGGGACTTGAAAAAATTCTCGGCGCGCCGACGGCGGCGGTGCGGCGGAGGAGAGCGGGGAGGGTTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809163.1
MLKKLIKQFIKLLNSLPPSFHALRKDLRPLARGSRQAPRESYPLQVPASQTDRRRRQRPERRNSRDLKKFSARRRRRCGGGERGGFRTGEACKQELARVKALIFGRAVHTHCTVTRCGVHGGALSVGSFKRKIQIAVEERWCNACVTAEETVEHVLLHCPKTEQVWNNIQQWINIKTVTPRGLSQHFLSFIHASKDKRWRKFLKGLWIGTVWILWRCRNESRFQGKVWDVQKVTQEIIGRMWSWNSFFHIVDINFPFSLW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器