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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004079`

染色体: Chr04 坐标: 55848981-55854666 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004079`
名称	SmilChr04G004079
描述	uncharacterized SmilChr04G004079
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55848981 - 55854666 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023650`
GeneID	`131023650`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023650`
原始查询	`LOC131023650`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	BRCT domain-containing DNA repair protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821702]; symbol=AT3G21480; hit=AT3G21480; species=arabidopsis; confidence=low
产物	BRCT domain-containing DNA repair protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821702]; symbol=AT3G21480; hit=AT3G21480; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G21480` (AT3G21480) BRCT domain-containing DNA repair protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821702] identity=51; qcov=0.383; evalue=9.29e-108; confidence=low
Rice	`Os05g0147133` - identity=60.9; qcov=0.237; evalue=6.58e-90; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00533 (BRCT); PF16589 (BRCT_2); PF16770 (RTT107_BRCT_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023650

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809177.1`
2	Chromosome	染色体	0.80000	`XP_057809177.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057809177.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809177.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809177.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55849679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C1
`Chr4:55850172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr4:55850357`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A20
`Chr4:55850357`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A20
`Chr4:55850533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:55850618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr4:55850904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B129,C36,C41
`Chr4:55850942`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B19
`Chr4:55850942`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B19
`Chr4:55851067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B39,B91
`Chr4:55851136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,D3
`Chr4:55851248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809177.1

991 aa

496

991

RTT107_BRCT_5

BRCT

BRCT_2

PF16770 RTT107_BRCT_5 759-849 aa PF00533 BRCT 785-835 aa PF16589 BRCT_2 873-961 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809177.1`	Pfam	`PF16770`	RTT107_BRCT_5	Domain	759	849	3.3e-11	43.7	Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain
`XP_057809177.1`	Pfam	`PF00533`	BRCT	Domain	785	835	1.5e-05	25.9	BRCA1 C Terminus (BRCT) domain
`XP_057809177.1`	Pfam	`PF16589`	BRCT_2	Domain	873	961	2.2e-21	76.7	BRCT domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953194.1
CGTCAATTTTGCCCCCAATTTTCACACCGTGTCGCCCTTCAATCACTTACACACCATCGCAATCACTCCCACTTTCGTCTCCACCGAATTCTTTATTTCTTTATTATGTAAGTTTTTGAGTCCATTCCATTTACATGTCATCGCGGGATCTGCCCATACTTCCCTTTTTCTGATCGGTGATGCTTTTTTAGCTTTATTTATATGTTAAGCAAATTTGTAGATGAATTGATATGGGGACTGTGGAAGGAAGCCGCAACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023650
ATGCCCTTTGATGATACTTATCTAATGGAAGATGAATTTGAAACCCAAATGGCGAATCTTGCTGAGGAAACCCAAATGGCGAATCTTGCTGAGGAAACACAAGTGGTGGATCTTGAAGGGGAAACCCTAGCGATGGATCTTGATGGGGAAACCCAAATGGTGGATTTTGGCGACGAAACCCAAATGGTGGATTTGTATGAGGAAACCCAAGTGGTGGATCTTCCAGGTGAAACTCAGGTGTTGGATGAGTTCAATGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809177.1
MPFDDTYLMEDEFETQMANLAEETQMANLAEETQVVDLEGETLAMDLDGETQMVDFGDETQMVDLYEETQVVDLPGETQVLDEFNAELDLAEYRQTNKTDVTCETQRLSEEDSANIDGSVSVELDSTVDKDPPKEEDLPQYALQQLGLLVWQPVLPGDLPQYVLHQLGLLVCQPVAEELVMVCLPLVLMYLLWNNRHLKLDGSSLVGHVSKSGRKSDGHFLENDCNSECERNSNRYKIPCTAVRKLFGEDQDAEVDKSET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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