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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001213

染色体: Chr04 坐标: 18879732-18882615 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001213
名称SmilChr04G001213
描述uncharacterized SmilChr04G001213
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向18879732 - 18882615 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023673
GeneID131023673
locus_tag-
NCBI NameLOC131023673
原始查询LOC131023673

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023673

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057809206.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057809206.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057809207.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809207.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809207.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:18879934 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 63 A11,A20,A21,A7,B101,B102,B103,B105,B108,B109,B114,B115,B121,B127,B13,B15,B29,B30,B31,B33,B35,B37,B44,B45,B46,B47,B51,B56,B68,B78,B82,B85,B86,B89,B94,C1,C12,C15,C16,C17,C26,C34,C36,C4,C40,C42,C47,C48,C57,C6,C62,C63,C66,C70,C73,C79,C8,C80,C83,C84,D2,D5,D7
Chr4:18879949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:18880131 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 A21
Chr4:18880131 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 A21
Chr4:18881320 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 9 B102,B11,B45,B81,C24,C26,C44,C63,C67
Chr4:18881346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:18881396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:18881575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:18881591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:18881601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B55,B94
Chr4:18881814 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 81 A11,A15,A2,A20,A24,A5,A6,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B119,B12,B121,B127,B13,B130,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B15,B16,B17,B24,B26,B29,B32,B33,B38,B39,B40,B45,B47,B50,B52,B56,B57,B6,B64,B68,B85,B86,B88,B9,B94,B96,C1,C10,C12,C14,C22,C24,C25,C33,C34,C37,C38,C4,C40,C49,C51,C54,C56,C57,C60,C63,C64,C66,C70,C73,C74,C77,C8,C86,D1,D2
Chr4:18881829 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 37 A8,B1,B102,B11,B111,B113,B129,B140,B2,B20,B29,B3,B35,B45,B48,B50,B6,B64,B81,B91,B94,C1,C24,C25,C26,C29,C30,C34,C40,C44,C49,C50,C53,C6,C63,C67,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101468.1
AAAACCCTAATTTCCTAATACACCCTAGCCAACCCACTCTCTTTCTCTCACCGTTCTCTCTCTTCCACCGCCTTACTCCCTTCATCGCCGCCATTCTCCACCGTCCTCGCCGCCGCGTAGCTGTTCGCGCCGCCGTCCTCTCCGCTGAGGCCCTCTATCCCTTTCTCTTCCGCGAACAGCAGCGGTCCGAGCCGCCGCCGCCGCTGATGTATCCTTATCTGAAACTCCGGCGTCGCTTCTGTAAAATCTGGCGACTGTTC...
XR_009101476.1
CCCTAATTTCCTAATACACCCTAGCCAACCCACTCTCTTTCTCTCACCGTTCTCTCTCTTCCACCGCCTTACTCCCTTCATCGCCGCCATTCTCCACCGTCCTCGCCGCCGCGTAGCTGTTCGCGCCGCCGTCCTCTCCGCTGAGGCCCTCTATCCCTTTCTCTTCCGCGAACAGCAGCGGTCCGAGCCGCCGCCGCCGCTGATGTATCCTTATCTGAAACTCCGGCGTCGCTTCTGTAAAATCTGGCGACTGTTCTTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131023673
ATGATGATACAAGCTAATCCCGGCAATGCTCTTCTGCTCGGGAATTATGCTAGATTCTTGAAGGAGGTTAGGGGAGATTTGGCAAAGGCAGAGGAGTATTGTGAGAGGGCGATTTTGGCGAATCCAAGTGATGGTAATGTGCTATCACTATGCGCTGATCTAATATGGCAGACGCAAAGAGATGCTACTCGAGCTGAGGCCTATTTTCATCAAGCTGTCAAAACTCACCCCAATGACTGCTATGTTCTGGCTTCGTATAC...
LOC131023673
ATGCTACTCGAGCTGAGGCCTATTTTCATCAAGCTGTCAAAACTCACCCCAATGACTGCTATGTTCTGGCTTCGTATACTCGATTCTTATGGGATGCCGAGGATGTCGAAGAAGAAGAAGAGGAACAAAAGCTGCCGCCGCGCCAGATCGTGCCTTAGCCAAAAAATGCCAGAGAGAGGACCCAACTACTCGTCGTATTTGTATTTGCAAGAATTATCTCATATGTGGATGACACTGAAGTTTTCAAGTACTAGTTCTTG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057809206.1
MMIQANPGNALLLGNYARFLKEVRGDLAKAEEYCERAILANPSDGNVLSLCADLIWQTQRDATRAEAYFHQAVKTHPNDCYVLASYTRFLWDAEDVEEEEEEQVNDLSCRRARSCLSQKMPERGPNYSSYLYLQELSHMWMTLKFSSTSSWRIKLMGVDALFFNRECSQKLSYEMEG
XP_057809207.1
MLLELRPIFIKLSKLTPMTAMFWLRILDSYGMPRMSKKKKRNKSCRRARSCLSQKMPERGPNYSSYLYLQELSHMWMTLKFSSTSSWRIKLMGVDALFFNRECSQKLSYEMEG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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