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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001214

染色体: Chr04 坐标: 18896606-18900770 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001214
名称SmilChr04G001214
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 11
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向18896606 - 18900770 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023674
GeneID131023674
locus_tag-
NCBI NameLOC131023674
原始查询LOC131023674

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 11
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 11
ArabidopsisAT1G10240 (FRS11)
FAR1-related sequence 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837563]
identity=80.7; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0443000
-
identity=64.8; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF03101 (FAR1); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like); PF26175 (HTH_FAR1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023674

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809209.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809209.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809209.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809209.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809209.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:18897744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B121,B81,C50,C65
Chr4:18897849 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C55
Chr4:18897849 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C55
Chr4:18897933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:18898451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C81,C82
Chr4:18899055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr4:18899169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B112,B53
Chr4:18899320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:18899337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A18,B24,B53
Chr4:18899956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B68,C51
Chr4:18899965 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B128,C38
Chr4:18899965 CCT C 2bp_deletion CDS_variant 2 B128,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809209.1
679 aa
N
1
340
679
FAR1
HTH_FAR1
ZSWIM1-3_RNaseH-like
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 62-155 aa PF26175 HTH_FAR1 168-223 aa PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 240-360 aa PF10551 MULE 278-368 aa PF04434 SWIM 560-587 aa
XP_057809210.1
679 aa
N
1
340
679
FAR1
HTH_FAR1
ZSWIM1-3_RNaseH-like
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 62-155 aa PF26175 HTH_FAR1 168-223 aa PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 240-360 aa PF10551 MULE 278-368 aa PF04434 SWIM 560-587 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809209.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 62 155 1.4e-19 71.3 FAR1 DNA-binding domain
XP_057809209.1 Pfam PF26175 HTH_FAR1 Domain 168 223 1.7e-25 89.3 FAR1 HTH-like domain
XP_057809209.1 Pfam PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like Domain 240 360 1.4e-06 29.0 Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
XP_057809209.1 Pfam PF10551 MULE Domain 278 368 1.3e-17 64.6 MULE transposase domain
XP_057809209.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 560 587 3.6e-07 30.3 SWIM zinc finger
XP_057809210.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 62 155 1.4e-19 71.3 FAR1 DNA-binding domain
XP_057809210.1 Pfam PF26175 HTH_FAR1 Domain 168 223 1.7e-25 89.3 FAR1 HTH-like domain
XP_057809210.1 Pfam PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like Domain 240 360 1.4e-06 29.0 Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
XP_057809210.1 Pfam PF10551 MULE Domain 278 368 1.3e-17 64.6 MULE transposase domain
XP_057809210.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 560 587 3.6e-07 30.3 SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953227.1
GTGAACGAGAATGGGGAATCACAATAATCTAGTTTGGATCCAGGATTAGTCTAGTCTGTCAATTGTAACCCACCTGCTTGGAAACAGACTTATTGCTGGCGCCATATAGCACCGTGCGCCACAAATAAAATTACATCCCAGCGCACATTAGGGTTTCTCTTCGCTTTCTTTCTTCGTTTCTTCTTCCCGTAGATTGATTAATCCTGAGCTAACTCGCGATTTCAATTGTTATGTTTGCATAGTCCGTTTGGATTTATATA...
XM_057953226.1
ATCTAGTTTGGATCCAGGATTAGTCTAGTCTGTCAATTGTAACCCACCTGCTTGGAAACAGACTTATTGCTGGCGCCATATAGCACCGTGCGCCACAAATAAAATTACATCCCAGCGCACATTAGGGTTTCTCTTCGCTTTCTTTCTTCGTTTCTTCTTCCCGTAGATTGATTAATCCTGAGCTAACTCGCGATTTCAATTGTTATGTTTGCATAGTCCGTTTGGATTTATATACGTACATGTATACGTATCGATATACA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131023674
ATGTCTGAAGAGGCTGGGCAGATGATGCTGGTGTATGAAGATCCCTCAGATCAAAGGTCCATCTCACTTGATGATGCAAGCAGCTCTGAGGAATCTCCAGATGAGACCAGACTGTCCTTGGAGACAACTAATGACGCTATTCCATATATTGGTCAAAGATTTGTAACTCATGATGCTGCTTATGAATTCTATAGTGAATTTGCAAAGCGCTGTGGGTTTTCAATCAGGCGTCACCGTACAGAGGGCAAGGACGGTGTTGG...
LOC131023674
ATGTCTGAAGAGGCTGGGCAGATGATGCTGGTGTATGAAGATCCCTCAGATCAAAGGTCCATCTCACTTGATGATGCAAGCAGCTCTGAGGAATCTCCAGATGAGACCAGACTGTCCTTGGAGACAACTAATGACGCTATTCCATATATTGGTCAAAGATTTGTAACTCATGATGCTGCTTATGAATTCTATAGTGAATTTGCAAAGCGCTGTGGGTTTTCAATCAGGCGTCACCGTACAGAGGGCAAGGACGGTGTTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057809209.1
MSEEAGQMMLVYEDPSDQRSISLDDASSSEESPDETRLSLETTNDAIPYIGQRFVTHDAAYEFYSEFAKRCGFSIRRHRTEGKDGVGKGLTRRYFVCHRAGNTPTKNSNDNKPQRNRKSSRCGCQAYMRISKSTELGVPEWRVTGFANHHNHELLEPNQVRFLPAYRTISESDKNRILMFVKTGISVQQMMRLLELEKCIEPGYLPFTEKDVRNLLQSFRKVDPEDESIDLLKMCRNIRDKDPNFKFEFTLDSSGRLENI...
XP_057809210.1
MSEEAGQMMLVYEDPSDQRSISLDDASSSEESPDETRLSLETTNDAIPYIGQRFVTHDAAYEFYSEFAKRCGFSIRRHRTEGKDGVGKGLTRRYFVCHRAGNTPTKNSNDNKPQRNRKSSRCGCQAYMRISKSTELGVPEWRVTGFANHHNHELLEPNQVRFLPAYRTISESDKNRILMFVKTGISVQQMMRLLELEKCIEPGYLPFTEKDVRNLLQSFRKVDPEDESIDLLKMCRNIRDKDPNFKFEFTLDSSGRLENI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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