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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001248`

染色体: Chr04 坐标: 19651376-19653421 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001248`
名称	SmilChr04G001248
描述	cytochrome c
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	19651376 - 19653421 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023704`
GeneID	`131023704`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023704`
原始查询	`LOC131023704`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome c
产物	cytochrome c
Arabidopsis	`AT4G10040` (CYTC-2) cytochrome c-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826595] identity=87.5; qcov=1; evalue=2.14e-71; confidence=high
Rice	`Os05g0420600` (OsCc1) - identity=89.3; qcov=1; evalue=1.65e-73; confidence=high
GO	GO:0005758 (mitochondrial intermembrane space); GO:0006122 (mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c); GO:0006123 (mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen); GO:0009055 (electron transfer activity); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	smil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00034 (Cytochrom_C); PF13442 (Cytochrome_CBB3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023704

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057809259.1`
2	Mitochondrion intermembrane space	Mitochondrion intermembrane space	0.80000	`XP_057809259.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057809259.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809259.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809259.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:19652586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:19653207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr4:19653266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809259.1

112 aa

112

Cytochrome_CBB3

Cytochrom_C

PF13442 Cytochrome_CBB3 11-106 aa PF00034 Cytochrom_C 13-109 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809259.1`	Pfam	`PF13442`	Cytochrome_CBB3	Domain	11	106	2.8e-06	28.3	Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III
`XP_057809259.1`	Pfam	`PF00034`	Cytochrom_C	Domain	13	109	1.3e-12	49.5	Cytochrome c

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953276.1
TATATAATACTCTACAATATAGCTTGCTAGAGATTTGTTAAACGCTTTTCCTCACAAAGAAAAAAGCAAAAAAAGAAAAAAAGAGAAAAAACTGTTGGGGTTTCTGAATTTGATTTTTTGAATGGCGACGTTCAGCGAAGCACCGGCCGGCGACGCGAAATCCGGCGAGAAGATCTTCAAAACTAAGTGCGCACAGTGCCACACCGCCGAGAAAGGCGCCGGTCACAAACAAGGTCCTAACTTGAATGGCCTCTTTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023704
ATGGCGACGTTCAGCGAAGCACCGGCCGGCGACGCGAAATCCGGCGAGAAGATCTTCAAAACTAAGTGCGCACAGTGCCACACCGCCGAGAAAGGCGCCGGTCACAAACAAGGTCCTAACTTGAATGGCCTCTTTGGAAGACAATCTGGCACCACCCCTGGTTATTCTTATTCAGCTGCAAACAAGAACATGGCCGTCACCTGGGGAGAGAATACACTTTATGACTACTTGCTAAATCCGAAGAAGTACATTCCTGGAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809259.1
MATFSEAPAGDAKSGEKIFKTKCAQCHTAEKGAGHKQGPNLNGLFGRQSGTTPGYSYSAANKNMAVTWGENTLYDYLLNPKKYIPGTKMVFPGLKKPQERADLIAYLKEATA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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