当前解析结果
SmilChr04G002923| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002923 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002923 |
| 描述 | probable polyamine oxidase 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 45491549 - 45496376 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023738 |
|---|---|
| GeneID | 131023738 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023738 |
| 原始查询 | LOC131023738 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable polyamine oxidase 4 |
| 产物 | probable polyamine oxidase 4 |
| Arabidopsis | AT1G65840 (PAO4)polyamine oxidase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842894] identity=68.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0671300 (PAO5)- identity=66; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005777 (peroxisome); GO:0006598 (polyamine catabolic process); GO:0046592 (polyamine oxidase activity) |
| KEGG | smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00410 (beta-Alanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00770 (Pantothenate and CoA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01593 (Amino_oxidase); PF13450 (NAD_binding_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023738 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.60000 | XP_057809284.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057809284.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057809284.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809284.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809284.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:45492137 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B126,B20 |
Chr4:45492239 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B23,B58,B65,B77,C42 |
Chr4:45492732 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809284.1PF13450
NAD_binding_8 35-101 aa
PF01593
Amino_oxidase 40-459 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809284.1 |
Pfam | PF13450 |
NAD_binding_8 | Domain | 35 | 101 | 5.5e-14 | 52.9 | NAD(P)-binding Rossmann-like domain |
XP_057809284.1 |
Pfam | PF01593 |
Amino_oxidase | Domain | 40 | 459 | 2.9e-91 | 307.7 | Flavin containing amine oxidoreductase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。