当前解析结果
SmilChr04G002950| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002950 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002950 |
| 描述 | protein LEAD-SENSITIVE 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 45833586 - 45836958 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023758 |
|---|---|
| GeneID | 131023758 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023758 |
| 原始查询 | LOC131023758 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LEAD-SENSITIVE 1 |
| 产物 | protein LEAD-SENSITIVE 1 |
| Arabidopsis | AT3G02700 (AT3G02700)NC domain-containing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820843] identity=65.5; qcov=0.947; evalue=1.05e-112; confidence=high |
| Rice | Os05g0310600- identity=62.8; qcov=0.898; evalue=3.37e-110; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04970 (LRAT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023758 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057809312.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057809312.1 |
| 3 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.20000 | XP_057809312.1 |
| 4 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057809312.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809312.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:45834053 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B124,B27,C11,C69 |
Chr4:45834093 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,B91,C55 |
Chr4:45834132 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr4:45834273 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B17 |
Chr4:45834273 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B17 |
Chr4:45834410 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B130,B63,C53 |
Chr4:45834420 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr4:45834455 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809312.1PF04970
LRAT 13-166 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809312.1 |
Pfam | PF04970 |
LRAT | Domain | 13 | 166 | 1.3e-29 | 103.6 | Lecithin retinol acyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。