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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002960

染色体: Chr04 坐标: 45954736-45964470 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002960
名称SmilChr04G002960
描述kinesin-like protein KIN-14E
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向45954736 - 45964470 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023765
GeneID131023765
locus_tag-
NCBI NameLOC131023765
原始查询LOC131023765

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-14E
产物kinesin-like protein KIN-14E
ArabidopsisAT5G65930 (ZWI)
kinesin-like calmodulin-binding protein (ZWICHEL) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836723]
identity=73.3; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0666900 (OsKCBP)
-
identity=72.7; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005856 (cytoskeleton); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF00373 (FERM_M); PF00784 (MyTH4); PF02174 (IRS); PF16796 (Microtub_bd); PF21989 (RA_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023765

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057809328.1
2 Spindle Spindle 0.40000 XP_057809328.1
3 Phragmoplast Phragmoplast 0.20000 XP_057809328.1
4 Spindle pole Spindle pole 0.20000 XP_057809328.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809328.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:45955524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr4:45955557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B69
Chr4:45956278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr4:45956728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr4:45956743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr4:45957372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C56
Chr4:45957533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,C14,C18,C21
Chr4:45958196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr4:45958203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:45959446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,C14,C18,C21
Chr4:45960719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B54,C42,C73,D6
Chr4:45960739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809328.1
1266 aa
N
1
633
1266
MyTH4
RA_2
FERM_M
IRS
Microtub_bd
Kinesin
C
PF00784 MyTH4 166-271 aa PF21989 RA_2 276-377 aa PF00373 FERM_M 382-498 aa PF02174 IRS 508-584 aa PF16796 Microtub_bd 871-1029 aa PF00225 Kinesin 896-1211 aa
XP_057809329.1
1266 aa
N
1
633
1266
MyTH4
RA_2
FERM_M
IRS
Microtub_bd
Kinesin
C
PF00784 MyTH4 166-271 aa PF21989 RA_2 276-377 aa PF00373 FERM_M 382-498 aa PF02174 IRS 508-584 aa PF16796 Microtub_bd 871-1029 aa PF00225 Kinesin 896-1211 aa
XP_057809330.1
1266 aa
N
1
633
1266
MyTH4
RA_2
FERM_M
IRS
Microtub_bd
Kinesin
C
PF00784 MyTH4 166-271 aa PF21989 RA_2 276-377 aa PF00373 FERM_M 382-498 aa PF02174 IRS 508-584 aa PF16796 Microtub_bd 871-1029 aa PF00225 Kinesin 896-1211 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809328.1 Pfam PF00784 MyTH4 Family 166 271 2e-28 99.5 MyTH4 domain
XP_057809328.1 Pfam PF21989 RA_2 Domain 276 377 7.8e-08 33.0 RA like domain
XP_057809328.1 Pfam PF00373 FERM_M Domain 382 498 2.7e-22 80.1 FERM central domain
XP_057809328.1 Pfam PF02174 IRS Domain 508 584 2.7e-07 31.2 PTB domain (IRS-1 type)
XP_057809328.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 871 1029 4.2e-46 157.4 Microtubule binding
XP_057809328.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 896 1211 7.5e-109 364.4 Kinesin motor domain
XP_057809329.1 Pfam PF00784 MyTH4 Family 166 271 2e-28 99.5 MyTH4 domain
XP_057809329.1 Pfam PF21989 RA_2 Domain 276 377 7.8e-08 33.0 RA like domain
XP_057809329.1 Pfam PF00373 FERM_M Domain 382 498 2.7e-22 80.1 FERM central domain
XP_057809329.1 Pfam PF02174 IRS Domain 508 584 2.7e-07 31.2 PTB domain (IRS-1 type)
XP_057809329.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 871 1029 4.2e-46 157.4 Microtubule binding
XP_057809329.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 896 1211 7.5e-109 364.4 Kinesin motor domain
XP_057809330.1 Pfam PF00784 MyTH4 Family 166 271 2e-28 99.5 MyTH4 domain
XP_057809330.1 Pfam PF21989 RA_2 Domain 276 377 7.8e-08 33.0 RA like domain
XP_057809330.1 Pfam PF00373 FERM_M Domain 382 498 2.7e-22 80.1 FERM central domain
XP_057809330.1 Pfam PF02174 IRS Domain 508 584 2.7e-07 31.2 PTB domain (IRS-1 type)
XP_057809330.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 871 1029 4.2e-46 157.4 Microtubule binding
XP_057809330.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 896 1211 7.5e-109 364.4 Kinesin motor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953345.1
AATCATAAGAAAATCAAAAATAGGACAATTGTAATCGTAGCACAAAAGAAAATTTAAAAAAACTCTCGTGACCCTCACCACCTTCTTTCTCCCTCCTTCACTCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTAGCTGGGTCTGGGCAAAAGATATTCCTTCATCGGACATTGAAGATTTTCCACGAGATAGCCAAAGGGTTTGATTGAATTAATTCTGATAAGAGAAATAGAGAAAGAGAAAGAGTTTCAAGGGAAGGAAATGGCGTTG...
XM_057953346.1
CGTAGCACAAAAGAAAATTTAAAAAAACTCTCGTGACCCTCACCACCTTCTTTCTCCCTCCTTCACTCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTAGCTGGGTCTGGGCAAAAGATATTCCTTCATCGGACATTGGTTAGTTCCCGCGAAGATTTTCCACGAGATAGCCAAAGGGTTTGATTGAATTAATTCTGATAAGAGAAATAGAGAAAGAGAAAGAGTTTCAAGGGAAGGAAATGGCGTTGAATTGATTTCTTGGGCATTCGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131023765
ATGACAACGGATATGGCACACAGTTTGAGATCAAACAGGTCTTCATTTGGTTCTAGCAATGGGTTTGAAACCCCTTCACACAACTCTTTTGCCACCTCAAACGGTGATGAATATGACTCTGATGGTTCCAACTTCGCTCCACCTACACCAAATACCCTGTCTTCAGTTATGCCACCTGAACTTGCTGGTGCTATACCGTTGATTGACAAGTTCCAGGTGGAGGGATTCTTGAGGGCTATGCAGAAGCAGCTTAATTCAGC...
LOC131023765
ATGACAACGGATATGGCACACAGTTTGAGATCAAACAGGTCTTCATTTGGTTCTAGCAATGGGTTTGAAACCCCTTCACACAACTCTTTTGCCACCTCAAACGGTGATGAATATGACTCTGATGGTTCCAACTTCGCTCCACCTACACCAAATACCCTGTCTTCAGTTATGCCACCTGAACTTGCTGGTGCTATACCGTTGATTGACAAGTTCCAGGTGGAGGGATTCTTGAGGGCTATGCAGAAGCAGCTTAATTCAGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057809328.1
MTTDMAHSLRSNRSSFGSSNGFETPSHNSFATSNGDEYDSDGSNFAPPTPNTLSSVMPPELAGAIPLIDKFQVEGFLRAMQKQLNSAGKRGFFSKRTVGIQVREKFTFEDMLCFQKEPIPTSLLKINSDLISRAVKLFQVILKYIGVDSSDRISPMSLDERIELVSKLYKHSLKRSELRDELFMQVSKQTRNNPDRHSLIRAWELMYLCASCMPPCKEIGGYLSEYVHTVAHSISNDSEVQVLAMNTLNALKRSVKAGPR...
XP_057809329.1
MTTDMAHSLRSNRSSFGSSNGFETPSHNSFATSNGDEYDSDGSNFAPPTPNTLSSVMPPELAGAIPLIDKFQVEGFLRAMQKQLNSAGKRGFFSKRTVGIQVREKFTFEDMLCFQKEPIPTSLLKINSDLISRAVKLFQVILKYIGVDSSDRISPMSLDERIELVSKLYKHSLKRSELRDELFMQVSKQTRNNPDRHSLIRAWELMYLCASCMPPCKEIGGYLSEYVHTVAHSISNDSEVQVLAMNTLNALKRSVKAGPR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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