当前解析结果
SmilChr04G002998| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002998 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002998 |
| 描述 | phosphoinositide phosphatase SAC6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 46373412 - 46385227 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023799 |
|---|---|
| GeneID | 131023799 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023799 |
| 原始查询 | LOC131023799 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phosphoinositide phosphatase SAC6-like |
| 产物 | phosphoinositide phosphatase SAC6-like |
| Arabidopsis | AT5G66020 (ATSAC1B)Phosphoinositide phosphatase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836732] identity=74.8; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0554300- identity=65; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0043812 (phosphatidylinositol-4-phosphate phosphatase activity); GO:0046856 (phosphatidylinositol dephosphorylation) |
| KEGG | smil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02383 (Syja_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023799 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057809380.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057809380.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057809380.1 |
| 4 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057809380.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809380.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:46373619 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr4:46380522 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,C71 |
Chr4:46383035 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,C78 |
Chr4:46384833 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,B57,B95,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809380.1PF02383
Syja_N 68-353 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809380.1 |
Pfam | PF02383 |
Syja_N | Family | 68 | 353 | 4.1e-79 | 266.8 | SacI homology domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。