当前解析结果
SmilChr01G002142| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002142 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002142 |
| 描述 | cytochrome b5 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 37405654 - 37407448 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023810 |
|---|---|
| GeneID | 131023810 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023810 |
| 原始查询 | LOC131023810 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome b5 |
| 产物 | cytochrome b5 |
| Arabidopsis | AT2G32720 (CB5-B)cytochrome B5 isoform B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817832] identity=79.1; qcov=0.977; evalue=5.37e-77; confidence=high |
| Rice | Os01g0971500- identity=76.9; qcov=0.985; evalue=1.82e-76; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0020037 (heme binding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00173 (Cyt-b5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023810 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057809398.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057809398.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809398.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809398.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809398.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:37407092 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C1,C17,C31,C4,C49 |
Chr1:37407109 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C1,C17,C31,C4,C49 |
Chr1:37407190 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C1,C17,C31,C4,C49 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809398.1PF00173
Cyt-b5 6-77 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809398.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 6 | 77 | 7e-30 | 103.6 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。