Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003015`

染色体: Chr04 坐标: 46540712-46547381 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003015`
名称	SmilChr04G003015
描述	cell cycle checkpoint protein RAD17-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	46540712 - 46547381 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023818`
GeneID	`131023818`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023818`
原始查询	`LOC131023818`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cell cycle checkpoint protein RAD17-like
产物	cell cycle checkpoint protein RAD17-like
Arabidopsis	`AT5G66130` (ATRAD17) RADIATION SENSITIVE 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836745] identity=53.6; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0242100` - identity=46.1; qcov=0.936; evalue=6.1e-150; confidence=high
GO	GO:0000077 (DNA damage checkpoint signaling); GO:0003682 (chromatin binding); GO:0006281 (DNA repair); GO:0033314 (mitotic DNA replication checkpoint signaling)
KEGG	-
Pfam	PF03215 (Rad17); PF21960 (RCF1-5-like_lid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023818

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809405.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057809407.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057809407.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809405.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809405.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:46547203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809405.1

605 aa

302

605

Rad17

RCF1-5-like_lid

PF03215 Rad17 93-259 aa PF21960 RCF1-5-like_lid 302-338 aa

XP_057809406.1

601 aa

300

601

Rad17

RCF1-5-like_lid

PF03215 Rad17 93-259 aa PF21960 RCF1-5-like_lid 302-338 aa

XP_057809407.1

547 aa

274

547

Rad17

RCF1-5-like_lid

PF03215 Rad17 35-201 aa PF21960 RCF1-5-like_lid 244-280 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809405.1`	Pfam	`PF03215`	Rad17	Domain	93	259	1.3e-21	78.1	Rad17 P-loop domain
`XP_057809405.1`	Pfam	`PF21960`	RCF1-5-like_lid	Domain	302	338	2e-06	28.4	RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain
`XP_057809406.1`	Pfam	`PF03215`	Rad17	Domain	93	259	1.4e-21	78.1	Rad17 P-loop domain
`XP_057809406.1`	Pfam	`PF21960`	RCF1-5-like_lid	Domain	302	338	2e-06	28.4	RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain
`XP_057809407.1`	Pfam	`PF03215`	Rad17	Domain	35	201	1.2e-21	78.3	Rad17 P-loop domain
`XP_057809407.1`	Pfam	`PF21960`	RCF1-5-like_lid	Domain	244	280	1.7e-06	28.6	RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953422.1
ACATCTTTATATTTTATTTTTTCCTTTCCTCCGCAAAACATATTTCAACCCGTGATATGCCTATACATCTTTATATTTTATTTAATATACGTATATTTTTATATAAAATTCAACTGCACAATACAAGCTTATGCGTTCCAAAACTGGCCTTCGATGGGGAAGGGGAAACGGAATTCAACCATTGTCATTTCATCATCCGATGATGATCAAGTTAAAGATAAAAACTTATCGTCGAAAACTGATGTCAGATTCTCGAGATC...

XM_057953423.1
TTTTTCTTTGATAACCCGCGCTTTTTTAAACCGAAGCCACTCCCCAAAATTGCCTCTACCCGTTTTCTAGGGTTTAAAAAATCTTACTGCTAATTTGTAAAAATTGCCAAACTGCAGTTCCAAAACTGGCCTTCGATGGGGAAGGGGAAACGGAATTCAACCATTGTCATTTCATCATCCGATGATGATCAAGTTAAAGATAAAAACTTATCGTCGAAAACTGATGTCAGATTCTCGAGATCAGCTCCAACTAGGAAAAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131023818
ATGGGGAAGGGGAAACGGAATTCAACCATTGTCATTTCATCATCCGATGATGATCAAGTTAAAGATAAAAACTTATCGTCGAAAACTGATGTCAGATTCTCGAGATCAGCTCCAACTAGGAAAAACCCTAAAAGGGCTAAGAAGGTTTCCGTCTCCAGGTCTTATTCATCGCCATTTCACAACTCTAGCGTCATTGATTTCGATGAGGTCAAACAGATTTGTGAGGAATTTGATCAAGGGTTCCCTCAGTTCAAGGTAAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057809405.1
MGKGKRNSTIVISSSDDDQVKDKNLSSKTDVRFSRSAPTRKNPKRAKKVSVSRSYSSPFHNSSVIDFDEVKQICEEFDQGFPQFKVTSGSSGNKDLWVEKYTPSCLAELAVHKKKVEEVKSWFEEKFKNSADNSCSNVILISGQAGVGKSATIYAVACHLGMEVYEWRTPTPTIWQEHVHNSGSGIQYMSKLDEFESFVERIRKYGLVSSSLTRVSPASVVLLIDDLPMVNGKVSYGRLQRCLYLLLQSVRLPTAILIND...

XP_057809406.1
MGKGKRNSTIVISSSDDDQVKDKNLSSKTDVRFSRSAPTRKNPKRAKKVSVSRSYSSPFHNSSVIDFDEVKQICEEFDQGFPQFKVTSGSSGNKDLWVEKYTPSCLAELAVHKKKVEEVKSWFEEKFKNSADNSCSNVILISGQAGVGKSATIYAVACHLGMEVYEWRTPTPTIWQEHVHNSGSGIQYMSKLDEFESFVERIRKYGLVSSSLTRVSPASVVLLIDDLPMVNGKVSYGRLQRCLYLLLQSVRLPTAILIND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器