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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003052

染色体: Chr04 坐标: 47083231-47086918 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003052
名称SmilChr04G003052
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74900, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向47083231 - 47086918 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023849
GeneID131023849
locus_tag-
NCBI NameLOC131023849
原始查询LOC131023849

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74900, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74900%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G74900 (OTP43)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843829]
identity=56.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0679200
-
identity=48.6; qcov=0.948; evalue=1.01e-148; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057809445.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809445.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809445.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809445.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809445.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:47084793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B86
Chr4:47085179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr4:47085261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:47085447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr4:47085456 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C15
Chr4:47085493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B68
Chr4:47085497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr4:47085671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B47,C9
Chr4:47085723 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr4:47085765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B19,B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809445.1
482 aa
N
1
241
482
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
C
PF01535 PPR 130-159 aa PF13041 PPR_2 130-175 aa PF13812 PPR_3 132-173 aa PF01535 PPR 164-187 aa PF23276 TPR_24 176-292 aa PF13812 PPR_3 193-242 aa PF13041 PPR_2 196-242 aa PF01535 PPR 198-228 aa PF12854 PPR_1 226-259 aa PF01535 PPR 234-262 aa PF13041 PPR_2 234-277 aa PF13812 PPR_3 257-312 aa PF12854 PPR_1 263-293 aa PF13041 PPR_2 266-314 aa PF01535 PPR 268-298 aa PF17177 PPR_long 283-400 aa PF12854 PPR_1 297-328 aa PF13041 PPR_2 300-349 aa PF01535 PPR 304-332 aa PF23276 TPR_24 305-396 aa PF13812 PPR_3 324-381 aa PF12854 PPR_1 331-364 aa PF13041 PPR_2 338-379 aa PF01535 PPR 339-365 aa PF12854 PPR_1 366-397 aa PF13041 PPR_2 369-415 aa PF01535 PPR 373-398 aa PF13812 PPR_3 378-415 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 130 159 6.8e-54 177.1 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 130 175 1.8e-84 278.4 PPR repeat family
XP_057809445.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 132 173 8.1e-50 167.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057809445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 164 187 6.8e-54 177.1 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 176 292 6e-22 78.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057809445.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 193 242 8.1e-50 167.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057809445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 196 242 1.8e-84 278.4 PPR repeat family
XP_057809445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 198 228 6.8e-54 177.1 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 226 259 7.7e-59 195.8 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 262 6.8e-54 177.1 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 234 277 1.8e-84 278.4 PPR repeat family
XP_057809445.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 257 312 8.1e-50 167.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057809445.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 263 293 7.7e-59 195.8 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 266 314 1.8e-84 278.4 PPR repeat family
XP_057809445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 268 298 6.8e-54 177.1 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 283 400 7.8e-25 88.2 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057809445.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 297 328 7.7e-59 195.8 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 300 349 1.8e-84 278.4 PPR repeat family
XP_057809445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 304 332 6.8e-54 177.1 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 305 396 6e-22 78.7 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057809445.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 324 381 8.1e-50 167.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057809445.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 331 364 7.7e-59 195.8 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 338 379 1.8e-84 278.4 PPR repeat family
XP_057809445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 339 365 6.8e-54 177.1 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 366 397 7.7e-59 195.8 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 369 415 1.8e-84 278.4 PPR repeat family
XP_057809445.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 373 398 6.8e-54 177.1 PPR repeat
XP_057809445.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 378 415 8.1e-50 167.5 Pentatricopeptide repeat domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101543.1
TTCTTCCTCCCATCCTCCACTCTGAAATTCCTCTTCTAAATTCCCATCTTCCAGCTCCTTCTCCTCATGTTAACGCCTCCATCTCTACTCTCGTCTCTCTCGCAATTCGCATCAGCAGCTCGACACCCATCTCTCTCTCTCTGTTAAATCACGCTAGAAACAAAAATCCCGAATCCTACTCTCTTGTCTCTCAAATCTCTTCTCTTTTCTCCTTCGTTTTTTTTCCTGGCGACGAACCACCTTGCTATGACTGCCACCGC...
XR_009101542.1
TTCTTCCTCCCATCCTCCACTCTGAAATTCCTCTTCTAAATTCCCATCTTCCAGCTCCTTCTCCTCATGTTAACGCCTCCATCTCTACTCTCGTCTCTCTCGCAATTCGCATCAGCAGCTCGACACCCATCTCTCTCTCTCTGTTAAATCACGCTAGAAACAAAAATCCCGAATCCTACTCTCTTGTCTCTCAAATCTCTTCTCTTTTCTCCTTCGTTTTTTTTCCTGGCGACGAACCACCTTGCTATGACTGCCACCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023849
ATGAGCCTACTCAACAGAGCTTCCAAAGTCAATAACCTTAAAACTCTGCAGAATCCCCCGTCCAGCAACTCTCCATTCCTGTTACCAGACCCTGTCACCATCACTAATCTATTACTCAAATCAAACAATCCAGAGTCACTAGCCCAATGCATCAACACTGTTTCTCCGTGGACTCCAGGTTTAGTCCAAGCAATTCTTAAACGCCTCTGGAACCATGGCCTTAAAGCCCTCCAATTCTTTAAACTTGTTGAAGACCACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809445.1
MSLLNRASKVNNLKTLQNPPSSNSPFLLPDPVTITNLLLKSNNPESLAQCINTVSPWTPGLVQAILKRLWNHGLKALQFFKLVEDHPSYSHSAIAFDHAIDIAARIRDYKAMWTLVCKMRSMRLGPSPKTFAIMMERYVSAGKADKAVKIFMSMHEYGCQQDLYSFNALLDVLCKSKRAEMAYGQFKVFRGRFRADVVSYNIIANGFCLKKQTPRALEVMKEMIERGVEPTLTTYNILLKGYFRAGQINEGWEFFLQMKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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