Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002145`

染色体: Chr01 坐标: 37438325-37445361 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002145`
名称	SmilChr01G002145
描述	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	37438325 - 37445361 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023850`
GeneID	`131023850`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023850`
原始查询	`LOC131023850`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3
产物	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3
Arabidopsis	`AT1G69770` (CMT3) chromomethylase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843313] identity=52.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0104900` (CMT2) - identity=54.3; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003682 (chromatin binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGG	smil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00145 (DNA_methylase); PF00385 (Chromo); PF01426 (BAH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023850

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809447.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809447.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809447.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809447.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057809447.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:37438501`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr1:37438547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B67
`Chr1:37438554`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C23
`Chr1:37438575`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr1:37438586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C1,C17,C31,C4,C49
`Chr1:37440754`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr1:37441386`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C1,C17,C31,C4,C49
`Chr1:37441907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,B54
`Chr1:37442099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C1,C17,C31,C4,C49
`Chr1:37442705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C75
`Chr1:37443254`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:37443275`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C1,C17,C31,C4,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809447.1

825 aa

412

825

BAH

Chromo

DNA_methylase

PF01426 BAH 105-209 aa PF00385 Chromo 366-420 aa PF00145 DNA_methylase 431-788 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809447.1`	Pfam	`PF01426`	BAH	Domain	105	209	7.8e-10	39.4	BAH domain
`XP_057809447.1`	Pfam	`PF00385`	Chromo	Domain	366	420	3.3e-12	46.9	Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain
`XP_057809447.1`	Pfam	`PF00145`	DNA_methylase	Domain	431	788	2.5e-35	123.2	C-5 cytosine-specific DNA methylase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953464.1
TCTCTCCCTCTCTCTATATATCTTTCCCCCTCCACCGCATTTCTGCTCACAATTCATTCACATCGCCAATTGTGACTATACATATATATATATAGATACAAATTCACAGAAGCTACATTGCGTTAACCTTCCAGTGATGGCGAATAAGAGGAAGTCCGAATCGGCGACGAAGGATCCGGCCGCAGCCACGGCGGAAGGAAGCCGGCGGTCCAAGAAGCCAGCCTCTGCTGAATCAACTGGGGCGGTGGACGAGGAGACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023850
ATGGCGAATAAGAGGAAGTCCGAATCGGCGACGAAGGATCCGGCCGCAGCCACGGCGGAAGGAAGCCGGCGGTCCAAGAAGCCAGCCTCTGCTGAATCAACTGGGGCGGTGGACGAGGAGACAAGGATTCCAACTGTCATAGACGACGGGAGCGAGGATGCAGGTGAGGCCCTGTTTTTAGGTGAACCGGTCGCCGGCGAGGAAGCTCGGAAACGGTGGCCGCATCGATATCAGAAAGATAATCAGTCAACGGAAATCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809447.1
MANKRKSESATKDPAAATAEGSRRSKKPASAESTGAVDEETRIPTVIDDGSEDAGEALFLGEPVAGEEARKRWPHRYQKDNQSTEIVQAKCHFLQAKVDGLVYCLEDDAHVKAEEGKESYICKIVELFQAVDGTQNFSAQWYYRADDTVIKTCSNLIDNRQVFFSEVKDDNPLDCLVKKLRIVLLPLKVEDQVKEKLRSTHDYYYDKMYLLPYTSFVNLSSESTTNSNESGSTISSDADGNSVTHVFSELEGPSGEKSLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器