当前解析结果
SmilChr04G003076| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003076 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003076 |
| 描述 | enoyl-CoA delta isomerase 1, peroxisomal-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 47369957 - 47370978 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023872 |
|---|---|
| GeneID | 131023872 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023872 |
| 原始查询 | LOC131023872 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | enoyl-CoA delta isomerase 1, peroxisomal-like |
| 产物 | enoyl-CoA delta isomerase 1%2C peroxisomal-like |
| Arabidopsis | AT1G65520 (ECI1)delta(3), delta(2)-enoyl CoA isomerase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842864] identity=52.6; qcov=1; evalue=1.32e-80; confidence=high |
| Rice | Os05g0529200- identity=43.8; qcov=0.984; evalue=3.19e-55; confidence=medium |
| GO | GO:0004165 (delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity); GO:0004300 (enoyl-CoA hydratase activity); GO:0005777 (peroxisome); GO:0006635 (fatty acid beta-oxidation) |
| KEGG | smil00071 (Fatty acid degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00378 (ECH_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023872 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 1.00000 | XP_057809486.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809486.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809486.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809486.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057809486.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:47370483 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B83 |
Chr4:47370483 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809486.1PF00378
ECH_1 23-197 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809486.1 |
Pfam | PF00378 |
ECH_1 | Domain | 23 | 197 | 5.4e-19 | 69.2 | Enoyl-CoA hydratase/isomerase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。