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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003086

染色体: Chr04 坐标: 47468702-47470622 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003086
名称SmilChr04G003086
描述uncharacterized SmilChr04G003086
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向47468702 - 47470622 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023882
GeneID131023882
locus_tag-
NCBI NameLOC131023882
原始查询LOC131023882

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023882

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809502.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057809502.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809502.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809502.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809502.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:47469421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C7
Chr4:47469426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr4:47469429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,D11
Chr4:47469434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B25,C36,C8
Chr4:47469445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:47469449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B25,C36,C8
Chr4:47469451 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 23 A18,A20,A23,B101,B107,B120,B122,B2,B33,B55,B70,B95,C11,C27,C28,C35,C63,C69,C71,C74,C75,C84,D3
Chr4:47469453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B86,C6
Chr4:47469462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B98,C20,C48
Chr4:47469464 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B15,B24
Chr4:47469487 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:47469509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A24,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953519.1
AGTGAGGGAGGGATAGCGAGGAACGTGGAGGACAACCTGTTCAGGAGGATTAAGAATTGGTTCGAGGAGAAGTTGGATGCTATGCGTTGCCGATGCTCGCATAGCACTGATGTTCACGTGCCCAGACCTGCTCCACGATCTCACTCTGACAGGAGACGCGAGCCCGAGCCCGAGCCCGACTCCGATCCGGCGCAGCGTACATCCTCAGAGGCCCCATCGCATCACCGATCCCCTGCACACGAGTCTCCTGCACGAGAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023882
ATGCACAGCGCCGTGCCGAGACCCATCGACTCACAGTATGTCGACGGGTTTGAGCGTATGATGGAAGCTGGCCGCCGTGGACACTACCAGACGGTGTCGGTGGCAGAGAGCGAGCACCCTCTCCCGTATAACTTTTGGACCACTATGCAAAACACGAGGACTGACCTCACGTCCAATGCTGTTGATATGTACATGATGACGATGAGATCGAGGTTGATGAGGGGTGATGACTTGATAGACGGTGTTGATGCGAGGACCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809502.1
MHSAVPRPIDSQYVDGFERMMEAGRRGHYQTVSVAESEHPLPYNFWTTMQNTRTDLTSNAVDMYMMTMRSRLMRGDDLIDGVDARTTIILDTELFKYFDDEFTELLKAWRSMFPSRAEGRLARSDAVFASWEPHPKKMYLVHGHGVSSTHGSWMHATTLHIYIYSINMLE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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