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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002154

染色体: Chr01 坐标: 37533928-37536795 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002154
名称SmilChr01G002154
描述IQ domain-containing protein IQM2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37533928 - 37536795 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023893
GeneID131023893
locus_tag-
NCBI NameLOC131023893
原始查询LOC131023893

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述IQ domain-containing protein IQM2-like
产物IQ domain-containing protein IQM2-like
ArabidopsisAT3G13600 (AT3G13600)
calmodulin-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820562]
identity=59.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0374500
-
identity=62.4; qcov=0.835; evalue=6.44e-176; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF30383 (IQM_M)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023893

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057809523.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057809523.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057809523.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057809523.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809523.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37535096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:37535471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B54,B82
Chr1:37535677 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C22
Chr1:37535705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B54,B82
Chr1:37535723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C17,C31,C4,C49
Chr1:37536241 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:37536365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:37536438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:37536443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr1:37536545 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B59,C35,C86
Chr1:37536545 TA T 1bp_deletion CDS_variant 3 B59,C35,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809523.1
510 aa
N
1
255
510
IQM_M
C
PF30383 IQM_M 213-304 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809523.1 Pfam PF30383 IQM_M Domain 213 304 1.6e-45 153.8 IQ motif-containing protein middle domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953540.1
TCAAAATATCAAATCAAACCAAGAAGAGCTCTACGGTTGCATTTCCATACAGAGAATTTAAGCCTACAGATCACAAGAAAAGAAGCCATAGATAAGGAAAAGATCTTTGCTTTCACTCTTTCAAGATTCCTCACAATTCTGAACTCCATCCCATTTTCTGGGACTCTGTTCTTTCACAACTACCTCTCAAAACTCAAATCTATCTCGCTCTCTCTCCCAAGATTGTTCCTTTCTTAGCAATCCTTTGCATTCAGAAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023893
ATGGGTGTATATCGTCCCAGCCCTCTCACGGTTAACTCGGACTTAGACAGCAGTTTTGAATCCATCATCGCAAAACTGATAAACCTTAAAGATGAGAAGATTAATAAGTCCCTTAATATTGAAGATGATGATGATATGGTGAGCCCTTTGGTTGGATCAAGAATCCCACATTCTCCGAAACACGAGGCGGCTATCAAGCTTCAGAAGGTTTACAAGAGCTTCAGAACTAGGAGAAAGTTAGCAGATTGTGCAGTTCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809523.1
MGVYRPSPLTVNSDLDSSFESIIAKLINLKDEKINKSLNIEDDDDMVSPLVGSRIPHSPKHEAAIKLQKVYKSFRTRRKLADCAVLIEQSWWKLLDFAELKHSSISFFDIDRHETAISRWSRARTRAAKVGKGLSKNGKAQKLALQHWLEAIDPRHRYGHNLHFYYVKWLNSQSKEPFFYWLDIGEGKDMNLVEKCPRSKLQQQCIKYLGPMERKAYEVVIEGGKLLYKQTGEPLDTTRGSKWIFVLSTSRTLYVGKKKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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