当前解析结果
SmilChr01G002154| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002154 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002154 |
| 描述 | IQ domain-containing protein IQM2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 37533928 - 37536795 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023893 |
|---|---|
| GeneID | 131023893 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023893 |
| 原始查询 | LOC131023893 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | IQ domain-containing protein IQM2-like |
| 产物 | IQ domain-containing protein IQM2-like |
| Arabidopsis | AT3G13600 (AT3G13600)calmodulin-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820562] identity=59.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0374500- identity=62.4; qcov=0.835; evalue=6.44e-176; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30383 (IQM_M) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023893 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057809523.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057809523.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057809523.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057809523.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809523.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:37535096 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr1:37535471 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B23,B54,B82 |
Chr1:37535677 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B80,C22 |
Chr1:37535705 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B23,B54,B82 |
Chr1:37535723 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C17,C31,C4,C49 |
Chr1:37536241 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr1:37536365 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr1:37536438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr1:37536443 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr1:37536545 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B59,C35,C86 |
Chr1:37536545 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B59,C35,C86 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809523.1PF30383
IQM_M 213-304 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809523.1 |
Pfam | PF30383 |
IQM_M | Domain | 213 | 304 | 1.6e-45 | 153.8 | IQ motif-containing protein middle domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。