当前解析结果
SmilChr04G003103| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003103 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003103 |
| 描述 | acidic endochitinase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 47609332 - 47610499 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023897 |
|---|---|
| GeneID | 131023897 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023897 |
| 原始查询 | LOC131023897 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | acidic endochitinase-like |
| 产物 | acidic endochitinase-like |
| Arabidopsis | AT5G24090 (CHIA)chitinase A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832474] identity=61; qcov=0.986; evalue=1.68e-124; confidence=high |
| Rice | Os01g0860500 (C10501)- identity=69.7; qcov=0.932; evalue=8.17e-141; confidence=high |
| GO | GO:0004568 (chitinase activity); GO:0005576 (extracellular region); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process) |
| KEGG | smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00704 (Glyco_hydro_18) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023897 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057809524.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809524.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809524.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809524.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057809524.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:47609562 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr4:47609666 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B119,C22 |
Chr4:47609771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,C85 |
Chr4:47609808 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,C14 |
Chr4:47609819 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr4:47609891 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr4:47610094 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B104 |
Chr4:47610094 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:47610137 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:47610161 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:47610162 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:47610176 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809524.1PF00704
Glyco_hydro_18 25-246 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809524.1 |
Pfam | PF00704 |
Glyco_hydro_18 | Domain | 25 | 246 | 8.4e-23 | 82.2 | Glycosyl hydrolases family 18 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。