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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003131`

染色体: Chr04 坐标: 47903741-47905379 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003131`
名称	SmilChr04G003131
描述	protein rough sheath 2 homolog
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	47903741 - 47905379 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023925`
GeneID	`131023925`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023925`
原始查询	`LOC131023925`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein rough sheath 2 homolog
产物	protein rough sheath 2 homolog
Arabidopsis	`AT2G37630` (AS1) myb-like HTH transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818340] identity=48.2; qcov=1.13; evalue=3.58e-104; confidence=high
Rice	`Os12g0572000` (OsMYB91) - identity=50.5; qcov=0.985; evalue=2.51e-102; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809560.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057809560.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809560.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809560.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809560.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:47904141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr4:47904151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B70,B88
`Chr4:47904157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B93,C37,C63
`Chr4:47904182`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B125
`Chr4:47904182`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B125
`Chr4:47904258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,B86
`Chr4:47904337`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:47904395`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr4:47904418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr4:47904581`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr4:47904613`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:47904724`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809560.1

342 aa

171

342

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

PF00249 Myb_DNA-binding 4-53 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 7-66 aa PF00249 Myb_DNA-binding 59-94 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 63-104 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809560.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	4	53	2.8e-24	85.7	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057809560.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	7	66	1.4e-22	80.3	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057809560.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	59	94	2.8e-24	85.7	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057809560.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	63	104	1.4e-22	80.3	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953577.1
ACATTAATCACTCGGCTAGTCACATCAAACAGTAAATTTAACGGATATATTGTGATTGGTAAGTAATTCAATAGTGATAGTACATGTAAAAGTAGAATTGAATAGAAATTACTGGACGCGACATGAGAAATAAGGTTTTATATATAAAGTGAGATGAGATGGGGGCAAGGCAAGAGTAATTATTAATGATTGGGGGGAGTGGAAGCGACGCAGAAGCAAATGGGCAAAGATGTGTAGTGAGTTCGCACAGGCACAGCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023925
ATGAAGGAGCGTCAGCGGTGGCAGCCGGAAGAAGACGCCCTCCTCCGCGCCTACGTCAAGCAGTACGGCCCCCGGGAATGGAACCTCATCTCCCACCGCATGGGCGCTACCCTTGACCGCGACCCCAAATCCTGCCTCGAGCGCTGGAAGAACTACCTCAAGCCTGGCATTAAGAAGGGCTCTCTCACCCCCGACGAGCAGACCCTCGTCATCTCCCTGCAGGCTAAGTACGGCAACAAGTGGAAGAAGATCGCCGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809560.1
MKERQRWQPEEDALLRAYVKQYGPREWNLISHRMGATLDRDPKSCLERWKNYLKPGIKKGSLTPDEQTLVISLQAKYGNKWKKIAAEVPGRTAKRLGKWWEVFKEKQLKHQNTSDYAAASPEKPAQGKYDHILDTFAEKYVQPKLVAFHQPPDPPPVLSLGSAETANSGAALPPWMNAISIATPTATSSLTSSSSTASPSVSLTLSPSEADAVPVQQQMGILIQYAREVEEGREVWVRHRKEATWRLNRLEQQLESEKAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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