Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002158`

染色体: Chr01 坐标: 37592991-37593703 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002158`
名称	SmilChr01G002158
描述	uncharacterized SmilChr01G002158
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	37592991 - 37593703 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023926`
GeneID	`131023926`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023926`
原始查询	`LOC131023926`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc-ribbon domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841028]; symbol=AT1G44414; hit=AT1G44414; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	zinc-ribbon domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841028]; symbol=AT1G44414; hit=AT1G44414; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G44414` (AT1G44414) zinc-ribbon domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841028] identity=67.3; qcov=1.01; evalue=9.45e-46; confidence=medium
Rice	`Os05g0435400` - identity=50; qcov=1.12; evalue=1.8e-26; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF17032 (Zn_ribbon_15)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023926

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057809565.1`
2	Endosome	内体	0.80000	`XP_057809565.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057809565.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057809565.1`
5	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.40000	`XP_057809565.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:37593219`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A23
`Chr1:37593219`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809565.1

100 aa

100

Zn_ribbon_15

PF17032 Zn_ribbon_15 23-97 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809565.1`	Pfam	`PF17032`	Zn_ribbon_15	Domain	23	97	2.8e-23	83.2	zinc-ribbon family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953582.1
TAAAAACAGAGAGAGGGAATTATTTTTAAAAATACTCCGTATTACTTTTTCCGTTTGGTTTCGGAAATGAAAAAAAAAAAGGGAAAATCTATTTAGTGATACGTCTAGAGGCATCCATGTCGAATGTAACTAGAACACTCCACCACTGCTTTTCTGATCCACCATAAAGAAATTGAAAAACAAAAAAACAGCAATTCGATCACGAAAATCGTTGTAAGACAAAGAAAAATGTTTTTCTTTTTCGTGGGAGAGTTGGGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023926
ATGTTTTTCTTTTTCGTGGGAGAGTTGGGGCAGCAGGCGAAGCAGGTACTGAAGAGCGGCGTCGGTCGCTGCATATCGTGCGGATCGCCGGCGGATCTCGTGGAGTACGAGAAAGTGCTGAAGGCCTTCTTCGTGCCGGTGTGGCGCTGGCCGGGGAAGGAGCCGCTCATGCACTGCAAGGACTGCAACCTCTTCTTCCCCCCGGAGAAGGAAGCCGTGGAGGCGGCTCTGAGGTGCCATTTCTGCTCTCGTCACGTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809565.1
MFFFFVGELGQQAKQVLKSGVGRCISCGSPADLVEYEKVLKAFFVPVWRWPGKEPLMHCKDCNLFFPPEKEAVEAALRCHFCSRHVDASFRFCPYCGSGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器