Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003137`

染色体: Chr04 坐标: 47957053-47963356 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003137`
名称	SmilChr04G003137
描述	T-complex protein 1 subunit zeta 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	47957053 - 47963356 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023932`
GeneID	`131023932`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023932`
原始查询	`LOC131023932`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	T-complex protein 1 subunit zeta 1-like
产物	T-complex protein 1 subunit zeta 1-like
Arabidopsis	`AT3G02530` (AT3G02530) TCP-1/cpn60 chaperonin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821160] identity=89.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0147400` - identity=87.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0005832 (chaperonin-containing T-complex); GO:0006457 (protein folding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0140662 (ATP-dependent protein folding chaperone)
KEGG	-
Pfam	PF00118 (Cpn60_TCP1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023932

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057809574.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057809574.1`
3	Cell projection	细胞突起	0.40000	`XP_057809574.1`
4	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057809574.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809574.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:47957674`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr4:47957884`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B110
`Chr4:47958619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,B86
`Chr4:47961999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,B86
`Chr4:47962095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809574.1

535 aa

268

535

Cpn60_TCP1

PF00118 Cpn60_TCP1 29-528 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809574.1`	Pfam	`PF00118`	Cpn60_TCP1	Family	29	528	1.6e-171	572.0	TCP-1/cpn60 chaperonin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953591.1
GTTGGAGAGGATCTTTCCGTAAAGCCCTAGAGAAAAACCCTCTTTCCCCACTCCAGTCTCTCTTCTCTCTCTACGTCTCTCTCTAACTCTAAGTGCTTCTTTGAAACGTCGATCTAAGCACCAAGCAGCTTAGTGTTATCGGTTTTACATACGAGGAGTAGAGTGTTAACGATGTCGCTGAAGGTGTTGAATCCGAACGCTGAGGTGCTGAACAAGTCTCATGCGCTGCATATGAACATCAATGCCGCAAAGGGCCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023932
ATGTCGCTGAAGGTGTTGAATCCGAACGCTGAGGTGCTGAACAAGTCTCATGCGCTGCATATGAACATCAATGCCGCAAAGGGCCTCCAGGATGTGCTCAAATCTAATCTAGGCCCTAAGGGAACTATTAAAATGCTTGTTGGTGGCGCGGGCGATATTAAGCTCACTAAGGATGGAAACACTCTGTTGAAGGAAATGCAAATACAAAGCCCTACAGCCATAATGATTGCTCGGACTGCTGTTGCCCAAGATGAAACCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809574.1
MSLKVLNPNAEVLNKSHALHMNINAAKGLQDVLKSNLGPKGTIKMLVGGAGDIKLTKDGNTLLKEMQIQSPTAIMIARTAVAQDETSGDGTTSTVIFIGELMKQSERYIDEGMHPRVLVDGFEIAKRATLQFLEKFKTPVVMGAEPDKEMLKMVARTALRTKLYEALADQLTDIVVNAVLCIRKPEEHIDLFMVEIMHMRHKFDIDTRLIEGLVLDHGSRHPDMKRRADNCYILTCNVSLEYEKSEVNAGFFYSSAEQRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器