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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003159

染色体: Chr04 坐标: 48222063-48226654 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003159
名称SmilChr04G003159
描述uncharacterized SmilChr04G003159
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向48222063 - 48226654 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023952
GeneID131023952
locus_tag-
NCBI NameLOC131023952
原始查询LOC131023952

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DnaA initiator-associating protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843024]; symbol=TRM22; hit=AT1G67040; species=arabidopsis; confidence=low
产物DnaA initiator-associating protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843024]; symbol=TRM22; hit=AT1G67040; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G67040 (TRM22)
DnaA initiator-associating protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843024]
identity=30.1; qcov=1.04; evalue=9.86e-71; confidence=low
RiceOs03g0302900 (SSD1)
-
identity=30.8; qcov=0.255; evalue=8.22e-15; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF14309 (DUF4378); PF14383 (VARLMGL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023952

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057809601.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057809601.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057809601.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057809603.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057809603.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:48222347 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 11 A10,B119,B139,B26,B7,B70,B85,C21,C34,C65,D4
Chr4:48222365 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 70 A13,A14,A16,A2,A3,A7,B1,B10,B104,B106,B117,B126,B127,B13,B131,B134,B14,B140,B15,B17,B19,B21,B23,B27,B3,B35,B42,B43,B44,B46,B48,B5,B50,B52,B55,B57,B59,B6,B60,B64,B67,B75,B81,B86,B88,B95,C1,C11,C13,C2,C21,C23,C27,C37,C39,C4,C45,C49,C61,C62,C63,C69,C7,C71,C73,C74,C83,D10,D11,D5
Chr4:48223305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B69
Chr4:48223361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr4:48223738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:48224212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr4:48224467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:48224809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr4:48225660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C49
Chr4:48225713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B13,B15,C1,C49
Chr4:48225890 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C35
Chr4:48225890 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809601.1
936 aa
N
1
468
936
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 109-135 aa PF14309 DUF4378 771-928 aa
XP_057809602.1
923 aa
N
1
462
923
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 96-122 aa PF14309 DUF4378 758-915 aa
XP_057809603.1
889 aa
N
1
444
889
VARLMGL
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 109-135 aa PF14309 DUF4378 724-881 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809601.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 109 135 1.3e-11 44.5 DUF761-associated sequence motif
XP_057809601.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 771 928 1.6e-11 45.5 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057809602.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 96 122 1.3e-11 44.5 DUF761-associated sequence motif
XP_057809602.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 758 915 1.6e-11 45.6 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057809603.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 109 135 1.2e-11 44.6 DUF761-associated sequence motif
XP_057809603.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 724 881 1.4e-11 45.7 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953618.1
TGTAGACCGAGTGGCATTCCGTCTTATCTTTCCTAACTTCTCTCCTCACTGTCACACACTACTGTGATCTGAGGAGCAGCCGTTTTCACCAGCGCAGCTTTGTCAGCTGCCGAACCAAAATCCCTCTACTCAGTCCTCCTTCTTTTTCAATTTTTTCTCCCAAACACACTATTGTTTCCTGTACTTGTCGAGATTCTTTAGTAGAGTATTAATTATTTAATATCTCTGTCCATTTAATTTCCAGATGATTATGCCTTTTA...
XM_057953620.1
GACCGAGTGGCATTCCGTCTTATCTTTCCTAACTTCTCTCCTCACTGTCACACACTACTGTGATCTGAGGAGCAGCCGTTTTCACCAGCGCAGCTTTGTCAGCTGCCGAACCAAAATCCCTCTACTCAGTCCTCCTTCTTTTTCAATTTTTTCTCCCAAACACACTATTGTTTCCTGTACTTGTCGAGATTCTTTAGTAGAGTATTAATTATTTAATATCTCTGTCCATTTAATTTCCAGATGATTATGCCTTTTAGCTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131023952
ATGATTCATAATCATTCCAGTGACCCTTTAAAAACATACCATATTATATCTGTGGAGAAAGCGGCGTCGTCTTTGGCAATTGTGGAGAAGAAGCCGCAGAGGCCTGGTGGATGTGTTGGTATCTTCTTTCAACTTTTTGATTGGAATCGTAGATTCGCGAAAAAGAAGCTTTTTTCCAAGAAATTACTACCACCAGTTCGATTCAAACAAGCTTCGAAGAAATTTGGTGGGGATGAGAAGCAGCCGAAGCTTCGTTTGAT...
LOC131023952
ATGATTCATAATCATTCCAGTGACCCTTTAAAAACATACCATATTATATCTGTGGAGAAAGCGGCGTCGTCTTTGGCAATTGTGGAGAAGAAGCCGCAGAGGCCTGGTGGATGTGTTGGTATCTTCTTTCAACTTTTTGATTGGAATCGTAGATTCGCGAAAAAGAAGCTTTTTTCCAAGAAATTACTACCACCAGTTCGATTCAAACAAGCTTCGAAGAAATTTGGTGGGGATGAGAAGCAGCCGAAGCTTCGTTTGAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057809601.1
MIHNHSSDPLKTYHIISVEKAASSLAIVEKKPQRPGGCVGIFFQLFDWNRRFAKKKLFSKKLLPPVRFKQASKKFGGDEKQPKLRLIADENNGGFPTAKMSNGAAIVDNEQKHEMHVPGLVARLMGLDSMPALQRDKSKKAPASGVVLREAEELVDKREELKGGIKHEVRPQKLQKTSVCERQPITRFGTEKLPFKNVLSKSRKQHHPKLPSPVKTPKNLSRKRPSKLIGAATRILEPGLQTSRSRCALTYSNASRDSPQ...
XP_057809602.1
MNDTVEKAASSLAIVEKKPQRPGGCVGIFFQLFDWNRRFAKKKLFSKKLLPPVRFKQASKKFGGDEKQPKLRLIADENNGGFPTAKMSNGAAIVDNEQKHEMHVPGLVARLMGLDSMPALQRDKSKKAPASGVVLREAEELVDKREELKGGIKHEVRPQKLQKTSVCERQPITRFGTEKLPFKNVLSKSRKQHHPKLPSPVKTPKNLSRKRPSKLIGAATRILEPGLQTSRSRCALTYSNASRDSPQDTDMEGRTCSLPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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