Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003174

染色体: Chr04 坐标: 48417993-48422957 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003174
名称SmilChr04G003174
描述calcium-dependent protein kinase 28-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向48417993 - 48422957 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023968
GeneID131023968
locus_tag-
NCBI NameLOC131023968
原始查询LOC131023968

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-dependent protein kinase 28-like
产物calcium-dependent protein kinase 28-like
ArabidopsisAT5G66210 (CPK28)
calcium-dependent protein kinase 28 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836753]
identity=78.9; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0409900 (CDPK18)
-
identity=80.2; qcov=0.863; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004683 (calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009931 (calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF10591 (SPARC_Ca_bdg); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8); PF14531 (Kinase-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023968

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057809620.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057809620.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809620.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809620.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809620.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:48418255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B50,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809620.1
562 aa
N
1
281
562
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Kinase-like
EF-hand_6
EF-hand_7
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_5
SPARC_Ca_bdg
EF-hand_7
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_5
C
PF00069 Pkinase 100-360 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 102-353 aa PF14531 Kinase-like 190-310 aa PF13405 EF-hand_6 407-433 aa PF13499 EF-hand_7 407-468 aa PF13202 EF-hand_5 408-430 aa PF13833 EF-hand_8 420-470 aa PF13202 EF-hand_5 447-465 aa PF10591 SPARC_Ca_bdg 472-537 aa PF13499 EF-hand_7 486-541 aa PF13202 EF-hand_5 489-508 aa PF13833 EF-hand_8 517-541 aa PF13202 EF-hand_5 520-541 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809620.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 100 360 5.2e-70 236.6 Protein kinase domain
XP_057809620.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 102 353 8.6e-29 101.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057809620.1 Pfam PF14531 Kinase-like Family 190 310 1.2e-06 28.8 Kinase-like
XP_057809620.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 407 433 5.6e-21 72.9 EF-hand domain
XP_057809620.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 407 468 1.4e-24 86.9 EF-hand domain pair
XP_057809620.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 408 430 1e-23 82.4 EF hand
XP_057809620.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 420 470 4.8e-14 52.6 EF-hand domain pair
XP_057809620.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 447 465 1e-23 82.4 EF hand
XP_057809620.1 Pfam PF10591 SPARC_Ca_bdg Domain 472 537 1.9e-05 25.6 Secreted protein acidic and rich in cysteine Ca binding region
XP_057809620.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 486 541 1.4e-24 86.9 EF-hand domain pair
XP_057809620.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 489 508 1e-23 82.4 EF hand
XP_057809620.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 517 541 4.8e-14 52.6 EF-hand domain pair
XP_057809620.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 520 541 1e-23 82.4 EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953637.1
AAGACAATAAGGAAAAGAAAAAAGTAGGAAGAACTGGAGAAGGAGATTTAATTTGTCCTCTCCTCTCTTTTACCGCAAGCTTGTTTGACCATCGCCACCACCTCCTCTTCTCCTTCTCCTTCCTCTCTTCTTCCTCAACCCTCTGAAATTCATCATTCCACAATATTTTCTCCCGCGTTTGTATATCTCTTGACCCATCTCCATTCTGTTTTCACATGATTCAGCTGATCTTCATTCAATCCTCCGATTTCCGAAAACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023968
ATGGGTATCTGTAATTCCACCACCAGGGACAGCGGCCCCAGCAGCGCCCCGAAACCCGCGGCCGAAACCGCCGCCGACGCCCATCACGATAAATGTAACGCCGCCTGGCCTGTCGCCAAGATACGCCCCCCGTTCAAATCAAAAAAGCAAGAGGGGTCTCGTCATAAGCCCAAGGATAAACAACAGAAGCAGAGGCAGTCTCCGCATAATGTGAAGAATAACTCTAGAAGGCAGAATGGGTCGATCCCTTGTGGGAAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809620.1
MGICNSTTRDSGPSSAPKPAAETAADAHHDKCNAAWPVAKIRPPFKSKKQEGSRHKPKDKQQKQRQSPHNVKNNSRRQNGSIPCGKRTNFGYDKDFDARYTIGKLLGHGQFGYTYVAVDNRNGDHVAVKRIEKNKMVLPIAVEDVKREVEILKELAGHENVVQFHNAFDDDSYVYIVMELCEGGELLDRILSKKDNRYAEKDAAIVVRQMLKVAAECHLHGLVHRDLKPENFLFKSVKEDSPLKATDFGLSDFIRPGKKF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器