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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002167

染色体: Chr01 坐标: 37760351-37763466 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002167
名称SmilChr01G002167
描述UDP-galactose transporter 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向37760351 - 37763466 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023969
GeneID131023969
locus_tag-
NCBI NameLOC131023969
原始查询LOC131023969

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-galactose transporter 1
产物UDP-galactose transporter 1
ArabidopsisAT1G77610 (AT1G77610)
EamA-like transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844096]
identity=85.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0104900
-
identity=80.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity)
KEGG-
PfamPF00892 (EamA); PF03151 (TPT); PF08449 (UAA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023969

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057809622.1
2 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057809622.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809622.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809622.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809622.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:37760843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B110
Chr1:37761859 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:37761955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:37762349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:37762746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B140,B25,B47
Chr1:37763203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:37763236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr1:37763290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B121,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809622.1
340 aa
N
1
170
340
UAA
TPT
EamA
EamA
C
PF08449 UAA 15-303 aa PF03151 TPT 16-301 aa PF00892 EamA 32-151 aa PF00892 EamA 160-300 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809622.1 Pfam PF08449 UAA Family 15 303 1.1e-12 48.5 UAA transporter family
XP_057809622.1 Pfam PF03151 TPT Family 16 301 8.7e-51 173.7 Triose-phosphate Transporter family
XP_057809622.1 Pfam PF00892 EamA Domain 32 151 6.7e-16 59.5 EamA-like transporter family
XP_057809622.1 Pfam PF00892 EamA Domain 160 300 6.7e-16 59.5 EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953639.1
TTACAATTGGTTAAAAGATTTTTTTTAAGGCCAAAAAATAGAAACATTACATGCACAACACAAATATACATTATAAACACACAAAATTTTCACACAAACTGCGTGTGCTGTGTGTAGTGTGTGTGTGGTTTTGGAAGCTCACCAATAAAGAGGTGATTAAGGCGTGAAGGTAGTGAGAAGAGCAGCGAGAATCCCATTTTTCCCCACACGTTTCGAATTCCTCCAAAATCAGAACACAGTAACAAGAATTAACCCATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023969
ATGGAGGAGAGTAGGTTGTGCCAGTGGAGTGTAATTCGATCGGTGTTGGCTATTCTACAATGGTGGGGTTTCAATGTCACTGTCATCATCATCAATAAATGGATCTTTCAGAAACTGGACTTTAAGTTTCCATTGACTGTGTCGTGTGTTCACTTCATATCCTCGGCAATTGGTGCGTACTTGGTAATTAAAGTGCTAAAACTTAAGCCGCTCATTTCAGTTGATCCTGAAGATCGATGGAGGCGGATTTTCCCTATGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809622.1
MEESRLCQWSVIRSVLAILQWWGFNVTVIIINKWIFQKLDFKFPLTVSCVHFISSAIGAYLVIKVLKLKPLISVDPEDRWRRIFPMSFIFCINIVLGNVSLRYIPVSFMQTIKSFTPATTVFLQWLIWKKYFDWQIWASLIPIVGGILLTSITELSFNMFGFCAALFGCIATSTKTILAESLLHGYKFDSINTVYYMAPFATMILAVPALLLEGPGVVEWLYTCPSLPSSLVIIFGSGVLAFCLNFSIFYVIHSTTAVTF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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