当前解析结果
SmilChr01G002167| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002167 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002167 |
| 描述 | UDP-galactose transporter 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 37760351 - 37763466 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023969 |
|---|---|
| GeneID | 131023969 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023969 |
| 原始查询 | LOC131023969 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-galactose transporter 1 |
| 产物 | UDP-galactose transporter 1 |
| Arabidopsis | AT1G77610 (AT1G77610)EamA-like transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844096] identity=85.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0104900- identity=80.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00892 (EamA); PF03151 (TPT); PF08449 (UAA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023969 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057809622.1 |
| 2 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057809622.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809622.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809622.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809622.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:37760843 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,B110 |
Chr1:37761859 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:37761955 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:37762349 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr1:37762746 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B140,B25,B47 |
Chr1:37763203 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr1:37763236 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr1:37763290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B121,C47 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809622.1PF08449
UAA 15-303 aa
PF03151
TPT 16-301 aa
PF00892
EamA 32-151 aa
PF00892
EamA 160-300 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809622.1 |
Pfam | PF08449 |
UAA | Family | 15 | 303 | 1.1e-12 | 48.5 | UAA transporter family |
XP_057809622.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 16 | 301 | 8.7e-51 | 173.7 | Triose-phosphate Transporter family |
XP_057809622.1 |
Pfam | PF00892 |
EamA | Domain | 32 | 151 | 6.7e-16 | 59.5 | EamA-like transporter family |
XP_057809622.1 |
Pfam | PF00892 |
EamA | Domain | 160 | 300 | 6.7e-16 | 59.5 | EamA-like transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。