Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002270`

染色体: Chr05 坐标: 24403120-24412129 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002270`
名称	SmilChr05G002270
描述	uncharacterized SmilChr05G002270
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	24403120 - 24412129 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024174`
GeneID	`131024174`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024174`
原始查询	`LOC131024174`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G06105` (AT2G06105) aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693] identity=38.9; qcov=0.247; evalue=2.5e-10; confidence=weak
Rice	`Os12g0292200` - identity=43.2; qcov=0.325; evalue=3.35e-19; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024174

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057809661.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057809661.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057809661.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809661.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809661.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:24409547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	95	A1,A16,A19,A2,A21,A22,A23,A24,A5,A6,A9,B1,B107,B108,B109,B110,B113,B119,B121,B123,B125,B13,B132,B134,B135,B140,B18,B21,B22,B24,B25,B26,B28,B3,B34,B36,B40,B42,B43,B49,B5,B61,B64,B65,B69,B7,B71,B73,B75,B78,B79,B8,B82,B84,B87,B88,B9,B90,B92,B93,B94,C12,C13,C14,C18,C19,C24,C28,C29,C30,C34,C4,C42,C45,C46,C47,C50,C58,C60,C63,C67,C7,C72,C74,C76,C77,C78,C8,C85,C9,D10,D11,D2,D5,D7
`Chr5:24409556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	45	A10,A14,B1,B106,B114,B124,B126,B129,B131,B134,B14,B17,B19,B2,B24,B3,B37,B44,B48,B51,B62,B70,B74,B76,B80,B81,B82,B84,C14,C17,C2,C26,C35,C41,C45,C56,C58,C7,C74,C75,C81,C83,C85,D6,D9
`Chr5:24409620`	`AT`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B57,C24
`Chr5:24409628`	`TTG`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B57,C24
`Chr5:24409675`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B138
`Chr5:24409686`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr5:24409742`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B32,C39
`Chr5:24409743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:24409751`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	119	A10,A15,A18,A2,A21,A22,A25,A5,A6,A8,B1,B105,B106,B11,B110,B112,B113,B114,B115,B118,B120,B129,B132,B138,B14,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B25,B26,B28,B29,B3,B32,B33,B36,B38,B39,B4,B45,B46,B47,B48,B5,B51,B53,B54,B56,B58,B6,B62,B63,B64,B65,B68,B69,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B81,B82,B88,B89,B9,B90,B92,B95,B96,B97,B98,C12,C13,C15,C17,C18,C19,C2,C21,C24,C26,C27,C29,C3,C30,C32,C4,C40,C41,C42,C43,C47,C50,C53,C55,C56,C58,C6,C60,C65,C66,C68,C71,C72,C74,C77,C78,C8,C86,C9,D1,D2,D4,D7
`Chr5:24409782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B133,C15
`Chr5:24409785`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr5:24409803`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B63,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953678.1
ATTTACTCGAGCTAATTATTTAGCAAACCCACCCTGAGAACATTATTACTGTCTCGATAGTTCAATCCCGAAGAATTCCACTCTCCATACCTTCGAGTTTAAGCCATGCTTGAGGCAGGCAATCAAATCCTCACTCCTCTTCCTATTCAAGTTCTACCAAGGCTATTTCATTTTAGCATCCCCTCTCTCAACCTCAGTTCACCAAATTCTTCCTAGCAAGCAGAATTCATGTGCAGAGCACCCACCAAGGCTTTGTGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024174
ATGCCATTCCCTCAGCGCCATCAGAAAGAGAGGGTGAAAGAGCAGTTCTCCAAGTTCTTAGAGATCTTCAGGAAGGTGCATATTAATATTCCATTGGTGGAAGCACTGCAGGAGATGCCGCAGTATGCTAAATTCCTGAAGGACATTATCTCGAGGAAGAAGAGGCTGAGAGAGTTTGAGACGGTGAATCTCAATGAGGAATGCAACGCAATCTTTCAGAGGAAGTTCCCAGCAAAGCTCAAAGATCCAGGCAGCTTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809661.1
MPFPQRHQKERVKEQFSKFLEIFRKVHINIPLVEALQEMPQYAKFLKDIISRKKRLREFETVNLNEECNAIFQRKFPAKLKDPGSFTISCTIRGQQFGKALCDLGASINLMPLSIFQRLAIGEMKPTSIALQMADRSVTYPRGIVEDVLVKVNEFIFPADFVVLDFEEDKTIPLILWRPFLATGRALIDVANGELTLRVNDEKHTFSIYRALKFYDEKEATNTEECKLLSIVDSYDTPSSWKGLGDPLEAYISHSIFSTD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器