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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002275

染色体: Chr05 坐标: 24472206-24473290 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002275
名称SmilChr05G002275
描述uncharacterized SmilChr05G002275
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向24472206 - 24473290 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024177
GeneID131024177
locus_tag-
NCBI NameLOC131024177
原始查询LOC131024177

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0677600; species=rice; confidence=high
产物hit=Os02g0677600; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G62140 (AT5G62140)
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836334]
identity=58; qcov=0.779; evalue=7.34e-62; confidence=high
RiceOs02g0677600
-
identity=55.6; qcov=0.827; evalue=2.86e-68; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024177

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057809663.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057809663.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.80000 XP_057809663.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809663.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809663.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:24472410 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B124
Chr5:24472410 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B124
Chr5:24472459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,B75,D10
Chr5:24472522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C8,C82
Chr5:24472526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B113,C45,C7
Chr5:24472556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr5:24472681 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B132
Chr5:24472681 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B132
Chr5:24472684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr5:24472686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:24472747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,B75
Chr5:24472787 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 38 A16,A23,A24,A8,B108,B118,B121,B122,B125,B128,B22,B26,B35,B47,B56,B57,B61,B64,B66,B8,B96,C12,C13,C18,C21,C24,C29,C4,C42,C44,C46,C72,C8,C82,D10,D2,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953680.1
GAGGATGAGGACCTCAACTCATGGTCTCATACTGGCCTCACATTAGACTATCTAAAATGGAAGCTCCGATATATTCTGAAAAAATGTACTGTATTATAGTTTAACGCTCAAACATTCTCTTTTTGCAGAAACTAAACAACACCAAATAATGGGGTGCCAAACCCTCCATCTCAATCCTCAATTTCTCTACAAGAGAACCCACGCACCAAACACAAGACGTTTCTCTCTCCAACCAAACCTTAAACTCTTCAAAACTACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024177
ATGGGGTGCCAAACCCTCCATCTCAATCCTCAATTTCTCTACAAGAGAACCCACGCACCAAACACAAGACGTTTCTCTCTCCAACCAAACCTTAAACTCTTCAAAACTACCTCTCTATCCTCCAACAACCTAAACGAACCAGTTTCAACTGCCACAATCAATCAAACACAAAACCCCACAACTCATGCATCCAACGTTAACTTCAAAACTCTAGGAGATTGCAAGCTCGGCATTTCCCGATACCCTGACTTCGACTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809663.1
MGCQTLHLNPQFLYKRTHAPNTRRFSLQPNLKLFKTTSLSSNNLNEPVSTATINQTQNPTTHASNVNFKTLGDCKLGISRYPDFDYNASGGAGSGTATKLSDGQVYVEFDVKKLSIPPLSTATTTFLGLLMPPFLKIDIIPVAFQGEINQESGKVDLKFIAEFCFSVGSLYKARPLLVETVLTSEESKGKMREGRGERMDGDGKCRLVGVATVEPINDLFMNVSQI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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