Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002284`

染色体: Chr05 坐标: 24588178-24591246 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002284`
名称	SmilChr05G002284
描述	putative vesicle-associated membrane protein 726
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	24588178 - 24591246 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024189`
GeneID	`131024189`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024189`
原始查询	`LOC131024189`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative vesicle-associated membrane protein 726
产物	putative vesicle-associated membrane protein 726
Arabidopsis	`AT1G04760` (VAMP726) vesicle-associated membrane protein 726 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839424] identity=80.8; qcov=1; evalue=2.54e-134; confidence=high
Rice	`Os07g0194000` (spb1) - identity=80.8; qcov=1; evalue=5.75e-122; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0016192 (vesicle-mediated transport)
KEGG	smil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00957 (Synaptobrevin); PF13774 (Longin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024189

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	1.00000	`XP_057809680.1`
2	Vesicle	囊泡	1.00000	`XP_057809680.1`
3	Endosome	内体	1.00000	`XP_057809680.1`
4	Endosome membrane	内体膜	1.00000	`XP_057809680.1`
5	Secretory vesicle	Secretory vesicle	0.60000	`XP_057809680.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809680.1

219 aa

110

219

Longin

Synaptobrevin

PF13774 Longin 18-113 aa PF00957 Synaptobrevin 131-210 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809680.1`	Pfam	`PF13774`	Longin	Domain	18	113	1.8e-25	89.7	Regulated-SNARE-like domain
`XP_057809680.1`	Pfam	`PF00957`	Synaptobrevin	Domain	131	210	9e-31	106.3	Synaptobrevin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953697.1
TATAAGAAAAATTCCATGCCCCCCGCAATCTCTCCCCAAAATTTCTCATCTCAATTCATCCCCACCTCAGCATTGCTCCCCCTTTCTCTCATCTGCATATCCTCTTCATTTCCCCTTCTTCTCATCTCTGCGCCTCCGCGTTTCGGTTCGTCAATGTTCACGTAGACACACGTAATCAATCATGGGTCAGCAGGAATTGATCTACAGTTTCGTCGCCAGAGGCACCACCATTTTGGCTGAGTACACTGAATTCAAAGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024189
ATGGGTCAGCAGGAATTGATCTACAGTTTCGTCGCCAGAGGCACCACCATTTTGGCTGAGTACACTGAATTCAAAGGGAATTTCACCTCCGTCGCCTCCCAGTGCTTGCAGAAGCTTCCCGCTTCCAGTAACAAATTCACTTACAACTGCGATGGACACACCTTCAATTACCATGTTGAAAATGGATTCACCTATTGTGTTGTTGCTGTTGAATCTACTGGTAGGCAACTTCCCATTGCTTTTCTTGAGCGTGTTAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809680.1
MGQQELIYSFVARGTTILAEYTEFKGNFTSVASQCLQKLPASSNKFTYNCDGHTFNYHVENGFTYCVVAVESTGRQLPIAFLERVKEDFNKRYGGGKAATAGQNSLNKEFGPKLKEHMQYCVDHPDEVNQLAKVQSQVSEVKGVMIENIEKVLDRGEKIELLVDKTEDLRSQAQDFKAKGTKLKRQMWFENMKIKLIVLGILLLIILVIWVSVCHGFKC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器