当前解析结果
SmilChr05G002296| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002296 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002296 |
| 描述 | major allergen Pru av 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 24788599 - 24789564 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131024201 |
|---|---|
| GeneID | 131024201 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024201 |
| 原始查询 | LOC131024201 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | major allergen Pru av 1-like |
| 产物 | major allergen Pru av 1-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0300400 (JIOsPR10)- identity=33.8; qcov=0.944; evalue=9.44e-30; confidence=low |
| GO | GO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006952 (defense response); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00407 (Bet_v_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024201 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057809691.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057809691.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809691.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809691.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809691.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:24788830 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | A25,B40,C1,C12,C51,C80 |
Chr5:24788944 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,A3,B115,B4,C43 |
Chr5:24789164 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr5:24789308 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 112 | A1,A10,A11,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A6,A7,A8,A9,B10,B104,B105,B106,B119,B122,B123,B129,B132,B133,B134,B139,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B28,B30,B33,B36,B38,B40,B41,B45,B46,B50,B56,B59,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B79,B8,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B96,B97,C14,C15,C17,C19,C2,C21,C24,C34,C35,C39,C40,C41,C44,C45,C47,C5,C50,C54,C58,C59,C6,C60,C62,C65,C67,C70,C74,C75,C78,C79,C8,C82,C83,C84,C85,D10,D6,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809691.1PF00407
Bet_v_1 3-154 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809691.1 |
Pfam | PF00407 |
Bet_v_1 | Domain | 3 | 154 | 1.3e-16 | 61.5 | Pathogenesis-related protein Bet v 1 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。