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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002296

染色体: Chr05 坐标: 24788599-24789564 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002296
名称SmilChr05G002296
描述major allergen Pru av 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向24788599 - 24789564 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024201
GeneID131024201
locus_tag-
NCBI NameLOC131024201
原始查询LOC131024201

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述major allergen Pru av 1-like
产物major allergen Pru av 1-like
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0300400 (JIOsPR10)
-
identity=33.8; qcov=0.944; evalue=9.44e-30; confidence=low
GOGO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006952 (defense response); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGG-
PfamPF00407 (Bet_v_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024201

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057809691.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057809691.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809691.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809691.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809691.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:24788830 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 6 A25,B40,C1,C12,C51,C80
Chr5:24788944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A3,B115,B4,C43
Chr5:24789164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr5:24789308 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 112 A1,A10,A11,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A6,A7,A8,A9,B10,B104,B105,B106,B119,B122,B123,B129,B132,B133,B134,B139,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B28,B30,B33,B36,B38,B40,B41,B45,B46,B50,B56,B59,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B79,B8,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B96,B97,C14,C15,C17,C19,C2,C21,C24,C34,C35,C39,C40,C41,C44,C45,C47,C5,C50,C54,C58,C59,C6,C60,C62,C65,C67,C70,C74,C75,C78,C79,C8,C82,C83,C84,C85,D10,D6,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809691.1
160 aa
N
1
80
160
Bet_v_1
C
PF00407 Bet_v_1 3-154 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809691.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 3 154 1.3e-16 61.5 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953708.1
AACTAAAAAGGTCTTGCACTTCACATGGGAAGGTTCCCTTTGCGCGTTGAATGGGTCATCAAACGGGGGTACCCACTATGAAAGACTACTTGTTTTCTTGAATCAACTTTTATTATTGCAATTTACTCACACCATCTACTCCAAAAAGTCTTTTCCATCTTCTTCTTCCTCCTATCTCAAATCCCCTCCATTTCAACCCACTTTACTCAAAATTGATCATCAATTTTTGTGTCAAACATACAAGAATAAAAAAAAATGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024201
ATGGGAGTGATCAAAGTCTCACAAACCTTTAGAACAAAAGTGACCCCAAATAGGATGTTCAAGGCGTTGATCATGGATTCTCACAATCTTGCTCCCCAACTCATGTTTTCATCAATCAAGAACGTCGAATTCCTTCAAGGCACCGGCGGGCCGGGAACCATCAAACAGATCAATTTCACAGAAGCAAGTCCATTAAACTACGTGAAGCATAGGATCGACGAGCTGGACGAAGAAAACTACATGTGCAAGTACACATTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809691.1
MGVIKVSQTFRTKVTPNRMFKALIMDSHNLAPQLMFSSIKNVEFLQGTGGPGTIKQINFTEASPLNYVKHRIDELDEENYMCKYTFIEVDGLMDKLDRITHEVKFEAYGFGGCRCKITSEYYTKENMEIKEEDIEQGKDRAVGMYEVVEAYLLAHPHAYN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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