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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002339`

染色体: Chr05 坐标: 25327415-25333624 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002339`
名称	SmilChr05G002339
描述	phytochrome B-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	25327415 - 25333624 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024240`
GeneID	`131024240`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024240`
原始查询	`LOC131024240`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phytochrome B-like
产物	phytochrome B-like
Arabidopsis	`AT2G18790` (PHYB) phytochrome B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816394] identity=74.6; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0309200` - identity=71.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000155 (phosphorelay sensor kinase activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009584 (detection of visible light); GO:0009585 (red, far-red light phototransduction); GO:0009881 (photoreceptor activity); GO:0017006 (protein-tetrapyrrole linkage); GO:0042803 (protein homodimerization activity)
KEGG	smil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00360 (PHY); PF00512 (HisKA); PF00989 (PAS); PF01590 (GAF); PF02518 (HATPase_c); PF08446 (PAS_2); PF08448 (PAS_4); PF13188 (PAS_8); PF13426 (PAS_9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024240

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057809741.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057809741.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809741.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809741.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809741.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:25327831`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C19
`Chr5:25327835`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,C24,C35
`Chr5:25327952`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr5:25328097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr5:25328182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr5:25328743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B53,C33,C78
`Chr5:25328755`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	92	A11,A16,A19,A24,A25,A3,B1,B10,B102,B109,B110,B111,B112,B113,B114,B117,B12,B121,B122,B13,B132,B135,B15,B17,B19,B2,B20,B21,B24,B25,B26,B28,B29,B35,B37,B40,B41,B46,B49,B50,B55,B58,B59,B61,B64,B65,B7,B75,B79,B8,B83,B84,B86,B89,B93,B94,B95,B97,C10,C11,C14,C16,C2,C23,C27,C28,C38,C39,C4,C42,C46,C48,C5,C52,C55,C58,C6,C60,C61,C62,C68,C69,C7,C71,C73,C74,C79,C82,D10,D5,D6,D9
`Chr5:25328789`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C40,C43
`Chr5:25329027`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr5:25329058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr5:25329130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B129,C24,C35
`Chr5:25329221`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809741.1

1140 aa

570

1140

PAS_2

GAF

PHY

PAS

PAS_8

PAS_4

PAS_9

PAS

PAS_9

HisKA

HATPase_c

PF08446 PAS_2 90-205 aa PF01590 GAF 239-416 aa PF00360 PHY 429-603 aa PF00989 PAS 634-749 aa PF13188 PAS_8 637-681 aa PF08448 PAS_4 642-752 aa PF13426 PAS_9 646-750 aa PF00989 PAS 765-884 aa PF13426 PAS_9 783-881 aa PF00512 HisKA 909-970 aa PF02518 HATPase_c 1018-1129 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF08446`	PAS_2	Domain	90	205	4.6e-38	130.9	PAS fold
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF01590`	GAF	Domain	239	416	1.2e-12	49.2	GAF domain
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF00360`	PHY	Domain	429	603	1.1e-55	188.6	Phytochrome region
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF00989`	PAS	Domain	634	749	4.3e-46	156.3	PAS fold
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF13188`	PAS_8	Domain	637	681	1.6e-05	25.3	PAS domain
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF08448`	PAS_4	Domain	642	752	2.5e-10	41.3	PAS fold
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF13426`	PAS_9	Domain	646	750	9e-10	39.5	PAS domain
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF00989`	PAS	Domain	765	884	4.3e-46	156.3	PAS fold
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF13426`	PAS_9	Domain	783	881	9e-10	39.5	PAS domain
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF00512`	HisKA	Domain	909	970	1.1e-12	48.5	His Kinase A (phospho-acceptor) domain
`XP_057809741.1`	Pfam	`PF02518`	HATPase_c	Domain	1018	1129	5.7e-15	56.4	Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009101702.1
TGAAATGCTTTCAGCCTTTCACTCGAGTCCCTGTGCCTGTTTACCAGCACGCAAAATCAGAAGCTGCAGCAAAACCCACTCGCGAAGAAAATTCCTTGAAAATGATTACTCGCACCGTTCCTTTCCCTTTATTCCGCGATTCTCAATCCAAAAATCGACGGGGAAAAAGAGCCGAGGACACAATGAATGGTTAGCAAGCAGAATACATGCATATTGTCTCGATTCACCACACAATTCAGCTCAATTTTCTGAAGCTCGAG...

XM_057953758.1
TGAAATGCTTTCAGCCTTTCACTCGAGTCCCTGTGCCTGTTTACCAGCACGCAAAATCAGAAGCTGCAGCAAAACCCACTCGCGAAGAAAATTCCTTGAAAATGATTACTCGCACCGTTCCTTTCCCTTTATTCCGCGATTCTCAATCCAAAAATCGACGGGGAAAAAGAGCCGAGGACACAATGAATGGTTAGCAAGCAGAATACATGCATATTGTCTCGATTCACCACACAATTCAGCTCAATTTTCTGAAGCTCGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024240
ATGTCTACTTCAGGAAGCAAGGATATTTATGCAAATCAGAGTTCCGCAGCTCAATCCTCAGCTGCAGAGCAGCGCCATCACCACCGCAGCAGCACTAACAACAATTCCAGCACGAACAGGGGCGGCCATTCAGTGAGCAGGGCTGTAGCGCAGTACACCGTGGATGCGAGACTCCACGCGGTATTCGAGCAGTCTGAGAAATCGTTTGATTATTCACAGAGCGTTAGAACCGGTAATCAATCCGTCTCCGAGCAGCAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809741.1
MSTSGSKDIYANQSSAAQSSAAEQRHHHRSSTNNNSSTNRGGHSVSRAVAQYTVDARLHAVFEQSEKSFDYSQSVRTGNQSVSEQQITAYFSKIQRGGHIQPFGCMIAVDERSFCVIAYSENACEMLALTPQSVPSLEKLETLTIGTDVRSLFTPSSSILLERAFGAREITLLNPVWVHSKNSGKPFYAILHRIDVGIVIDLEPARKEDPALSIAGAVQSQKLAVRVISHLQSLPGGDIKLLCDTVVECLRELTGFDRVM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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