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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002345

染色体: Chr05 坐标: 25431876-25433783 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002345
名称SmilChr05G002345
描述peroxidase 29-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向25431876 - 25433783 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024245
GeneID131024245
locus_tag-
NCBI NameLOC131024245
原始查询LOC131024245

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peroxidase 29-like
产物peroxidase 29-like
ArabidopsisAT3G17070 (AT3G17070)
Peroxidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820964]
identity=48.2; qcov=1.01; evalue=3.48e-29; confidence=medium
RiceOs07g0694300 (prx116)
-
identity=36.9; qcov=1.02; evalue=9.48e-21; confidence=medium
GOGO:0004601 (peroxidase activity); GO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00141 (peroxidase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024245

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057809747.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809747.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809747.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809747.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809747.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:25433353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C18,C29,C72,D2
Chr5:25433358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B65,B82,C78
Chr5:25433395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,B77
Chr5:25433428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C18,C29,C72,D2
Chr5:25433433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:25433457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C18,C29,C72,D2
Chr5:25433494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C84
Chr5:25433495 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 9 A21,A9,B106,B119,B123,B134,B2,B87,C35
Chr5:25433515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,D5
Chr5:25433605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809747.1
109 aa
N
1
54
109
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 1-73 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809747.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 1 73 9.4e-11 42.7 Peroxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953764.1
GCTGACGTGCTAGTCCTCGCCGCACGGGACGCCGTTGAGCTCTCTGGAGGGCCCACAATCGCTGTCCCTTTGGGCCGCAAGGATTCTCGCCGCCGTCCAAGCCGCAGCCTCACCGATTCTTCGCTGCCGTCAGCCGATATTGGGCTCGACGCCGCGCTCCACCTCTTCTCCAACAAAAGCATCACACTCGAAGAGACGGTCGCCATTTTGGGGGCTCATACCCTTGGAATCACACATTGTTTCAGCCTTAGAAGCCGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024245
ATGCATGCCGGATTTGTAAATGCATTGAAGTTGAGGTGTCCTGCCGATCAGGATGCCTCGGCTTCAAAAGTGAAGTTCGTCACGAATGATTTGACACCTGTACTATTCGACAACGAGTACTTTGTGAACACAATGAGAGGTCGAGGAGTGCTCAAGATTGATGCTGCAATGCCTTTGGATTCAAGAACTAGGCCATTTGTTGAGAAGTTTGCTAGTGATCACAATGCATTTTATCGAGCCTTTTCATCGGCTTTTGTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809747.1
MHAGFVNALKLRCPADQDASASKVKFVTNDLTPVLFDNEYFVNTMRGRGVLKIDAAMPLDSRTRPFVEKFASDHNAFYRAFSSAFVKLSSSNVLTGKQGVIRRSCNRLN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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