Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002352`

染色体: Chr05 坐标: 25534388-25540884 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002352`
名称	SmilChr05G002352
描述	uncharacterized SmilChr05G002352
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	25534388 - 25540884 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024251`
GeneID	`131024251`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024251`
原始查询	`LOC131024251`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827310]; symbol=AT4G16180; hit=AT4G16180; species=arabidopsis; confidence=high
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827310]; symbol=AT4G16180; hit=AT4G16180; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G16180` (AT4G16180) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827310] identity=72.8; qcov=0.976; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0310500` - identity=70.8; qcov=0.417; evalue=4.51e-174; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF25483 (DUF7906)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024251

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057809756.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057809756.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.60000	`XP_057809756.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809756.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809756.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:25535513`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr5:25535566`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,A2,B34,B40
`Chr5:25537096`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr5:25538174`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:25538248`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,B115
`Chr5:25538510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr5:25539045`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr5:25539907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809756.1

805 aa

402

805

DUF7906

PF25483 DUF7906 66-330 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809756.1`	Pfam	`PF25483`	DUF7906	Domain	66	330	5.6e-54	183.9	Domain of unknown function (DUF7906)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953773.1
TGAGTGAAATCAGCCCAAATGAAAAAACAATTGGAATTTCAGCTGAGTGCTCAGTCAAATGGCAATCGACTCGTCCAAGTGAAACCTCAGAAAATAAGCTGAAAAACGATGCAATTCGACAAAAGAAACTGAAATTGTAGAGTTTTTCTTGACGAAATTCGTCTAATCTGTGTCTTTTTTCGGATTTTGGTACCCTTGTTTGCAGTTTTTGGGTTGAAGCATGAAGCGGATTAAAATCTCCTACTATGCTTTGGGAATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024251
ATGAAGCGGATTAAAATCTCCTACTATGCTTTGGGAATTTTGTTGAGCTTGATTTGCGTACAATCTGCGCCGCAGGCGTACCGTAGAGACCCAGGACACCCGATGTGGCACCATGGCGCATTTCAGTATGTCAAGGATTCCGTGCGATCTGATGTTCGGCAGATGCTCCACTCTCGCGCCGAGGTCCCTTTTCAAGTCCCTCTTGAAGTAAATGTCGTCCTTATTGGATTCAATGATAACGGAGGCTACAGGTATACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809756.1
MKRIKISYYALGILLSLICVQSAPQAYRRDPGHPMWHHGAFQYVKDSVRSDVRQMLHSRAEVPFQVPLEVNVVLIGFNDNGGYRYTVDSQKLEEFLRVAYPSHRPSCLETGQPLDIEHHVVFNAFPVGQPELIALEKSVKAAMNSAGTAREVDFGREVPLFEVEATAVEPEFEKLYSYLFDIENGGHPVEDMDRPRPTAIFVVNFDKVRIDPRNSELDLDSLMYGKIPHLNEEELKNQEGGYIYRYRYNGGGASQIWLGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器