Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002362`

染色体: Chr05 坐标: 25655503-25657209 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002362`
名称	SmilChr05G002362
描述	transcription factor bHLH148-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	25655503 - 25657209 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024259`
GeneID	`131024259`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024259`
原始查询	`LOC131024259`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor bHLH148-like
产物	transcription factor bHLH148-like
Arabidopsis	`AT3G17100` (AT3G17100) sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820967] identity=54.2; qcov=0.741; evalue=2.15e-45; confidence=medium
Rice	`Os03g0311600` - identity=40.1; qcov=0.924; evalue=6.95e-30; confidence=medium
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF26576 (IBH1_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024259

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809763.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809763.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809763.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809763.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057809763.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:25656201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B95,C10,C63,C73
`Chr5:25656319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,C44,D3
`Chr5:25656980`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B139,D10
`Chr5:25657041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr5:25657055`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,C19,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809763.1

224 aa

112

224

IBH1_N

PF26576 IBH1_N 50-109 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809763.1`	Pfam	`PF26576`	IBH1_N	Domain	50	109	5.6e-07	30.0	IBH1-like, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953780.1
TATTTTACTGAAAAATAAAATAGAAATTATTTAATCAATAAAAGCGCTGCAAATTCTATAAAGAAGATAAATATCGCATTTTGCTGAATCATTTTCCCCGTGATTCTCTTTAAAGCCTCCTCCACTCCCCCGGCCCCCGAAACTCCATTTTCGTTTGTTGTGTGTATAGGTATCTACGCATATCTCCATCAACTCCGCCACTGATACAATTGAGAACGCAATCAGAGGAATCGCTTCTCGATTTCTTCAGCTCCAAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024259
ATGATGTCATCGCTGTTATCATCGAATCCAGCAGTAAATTCGGACAGATCATCCACCAGAAGAAAGAAGAAGAAGAAAATCCATCACGACGCCCAAATCCAAGCCGACAACCAGCAAAACATCTCCCCGATTCAATGGAAATCCGACGCTCAGCAGCAAATCTACTCATCGAAGCTGCTCCACGCGCTGCAGCAGGTCCGGCTCGGCTCGTCGGGATCCGAGCCGTCGGCTCCGCGGCGGGTGCGCGACGCCGCGTACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809763.1
MMSSLLSSNPAVNSDRSSTRRKKKKKIHHDAQIQADNQQNISPIQWKSDAQQQIYSSKLLHALQQVRLGSSGSEPSAPRRVRDAAYGVLAATARGRSRWSRAILTNRLKLKFMKKNNIAKRQRKMMTVIAAGNQPRKKSKVGVLRLKSKCLPAFQRKARVLSRLVPGCRKQPLPVVLEETTDYIAALEMQVRAMSALAELLTVSGSSSSSTATAQPGSVRTPPN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器