Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002369`

染色体: Chr05 坐标: 25871383-25880829 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002369`
名称	SmilChr05G002369
描述	flowering time control protein FCA-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	25871383 - 25880829 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024263`
GeneID	`131024263`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024263`
原始查询	`LOC131024263`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	flowering time control protein FCA-like
产物	flowering time control protein FCA-like
Arabidopsis	`AT4G16280` (FCA) flowering time control protein FCA [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827323] identity=50.6; qcov=0.663; evalue=1.11e-144; confidence=high
Rice	`Os09g0123200` (OsFCA) - identity=44; qcov=0.75; evalue=8.66e-112; confidence=medium
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF00397 (WW)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024263

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809768.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057809768.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809768.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809768.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809768.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:25873202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B74,B77,C53,D11
`Chr5:25873233`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B101,B53,B70,C3
`Chr5:25873288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B136,C33
`Chr5:25873403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr5:25873490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr5:25873620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,C19,C32,C68
`Chr5:25875101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B29,B73,B97,D8
`Chr5:25879398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,C29
`Chr5:25880029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr5:25880548`	`GC`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B77
`Chr5:25880669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B21,B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809768.1

873 aa

436

873

RRM_1

PF00076 RRM_1 258-322 aa PF00076 RRM_1 349-413 aa PF00397 WW 750-776 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809768.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	258	322	1.4e-35	121.7	RNA recognition motif
`XP_057809768.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	349	413	1.4e-35	121.7	RNA recognition motif
`XP_057809768.1`	Pfam	`PF00397`	WW	Domain	750	776	3e-09	37.5	WW domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953785.1
AACGATCATTTTATTCTGTTCATGATTCATTTCTCGGGTTCACTCTGCACAACAATCGTCAGCTTCAATTTTTGAAAATAATAGGGTTAGGGTTTTCCCAATTTTGCGATTTCCATGGAGAAATTCGATAGAAATAGAGGTACTGATAGGTACAGCAATAGCAGCGAGCCACCTTATCAATACAATTCAGGCGGCAGGCACTCCCGCGGCGGCGGAGCTCCATTTCACCAGCGTCACCAGGATGATTATCGAGGCGGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024263
ATGGAGAAATTCGATAGAAATAGAGGTACTGATAGGTACAGCAATAGCAGCGAGCCACCTTATCAATACAATTCAGGCGGCAGGCACTCCCGCGGCGGCGGAGCTCCATTTCACCAGCGTCACCAGGATGATTATCGAGGCGGCGGTGGCGGCGGAGGCGGAGGTGGCCGCGACAGTCCTCATAATTATCCCGGCGGATTTTCTAGTGGCGGCGGGAGGGAGAATAGTAGGGCGTTTGACAGTCCGCCGCCCTACCCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809768.1
MEKFDRNRGTDRYSNSSEPPYQYNSGGRHSRGGGAPFHQRHQDDYRGGGGGGGGGGRDSPHNYPGGFSSGGGRENSRAFDSPPPYPSRPSGGGGVVGGGLRPIGDGFGVFRPPVGAGDGFGPMCGAGGRGFRPIGGGADATGFRPIGGGADSAGFRPMGGFGGDGGRFPQMGGGGGGDGGGEFPPMGGGGGDGGGFRRSGGSDGEAGGFRPMGGGGGDGPGFGFDNYGGPPTPLSGQKRGYSGRERSPGREGANFAKLFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器