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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002188`

染色体: Chr01 坐标: 37997566-37998295 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002188`
名称	SmilChr01G002188
描述	cold shock protein 2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	37997566 - 37998295 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024273`
GeneID	`131024273`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024273`
原始查询	`LOC131024273`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cold shock protein 2-like
产物	cold shock protein 2-like
Arabidopsis	`AT4G36020` (CSDP1) cold shock domain protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829758] identity=37.8; qcov=1.1; evalue=1.82e-29; confidence=medium
Rice	`Os02g0121100` (OsCSP1) - identity=46.5; qcov=1.07; evalue=7.7e-29; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF00313 (CSD); PF08206 (OB_RNB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024273

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809775.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057809775.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057809775.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809775.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809775.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:37997710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:37997844`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B38,B39,C23
`Chr1:37997895`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:37997999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr1:37998001`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B53
`Chr1:37998071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr1:37998113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C78,D2
`Chr1:37998191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr1:37998245`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr1:37998281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B64,B91,C3,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809775.1

198 aa

198

CSD

OB_RNB

zf-CCHC

PF00313 CSD 8-71 aa PF08206 OB_RNB 17-40 aa PF00098 zf-CCHC 107-121 aa PF00098 zf-CCHC 179-194 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809775.1`	Pfam	`PF00313`	CSD	Domain	8	71	3.4e-23	82.0	'Cold-shock' DNA-binding domain
`XP_057809775.1`	Pfam	`PF08206`	OB_RNB	Domain	17	40	1.4e-05	25.4	Ribonuclease B OB domain
`XP_057809775.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	107	121	2.4e-16	59.7	Zinc knuckle
`XP_057809775.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	179	194	2.4e-16	59.7	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953792.1
ATGGCGGATGTGGCGAGATCGGCGGGGACGGTGAAGTGGTTCAGCGGCCAGAAGGGCTTCGGCTTCGTCTCGCCGGACGCCGGCGGCGACGATCTCTTCGTGCACCAGACCGAGATCCAAACCGAGGGTTTCCGCACGCTGCGCGAGGGCCAGCGGGTCGAGTTCGCCGTAGATTGCCGCGAGGACGGCCGGAGCAAAGCCGTCGACGTCGTGATCCTCACCAGGAATCAGAATTCCGGTGGCCGCGGCCGCGGCAGAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024273
ATGGCGGATGTGGCGAGATCGGCGGGGACGGTGAAGTGGTTCAGCGGCCAGAAGGGCTTCGGCTTCGTCTCGCCGGACGCCGGCGGCGACGATCTCTTCGTGCACCAGACCGAGATCCAAACCGAGGGTTTCCGCACGCTGCGCGAGGGCCAGCGGGTCGAGTTCGCCGTAGATTGCCGCGAGGACGGCCGGAGCAAAGCCGTCGACGTCGTGATCCTCACCAGGAATCAGAATTCCGGTGGCCGCGGCCGCGGCAGAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809775.1
MADVARSAGTVKWFSGQKGFGFVSPDAGGDDLFVHQTEIQTEGFRTLREGQRVEFAVDCREDGRSKAVDVVILTRNQNSGGRGRGRGGGGYGRGRGRFGGGGSDGVECYNCGRIGHLARECYRGGGGDGGGGEGGGDGGYRSYGHGGGDRGGDSGYRGYGRRGGRGSGGRGRGGGGGRECYNCGEEGHFARDCPIEQN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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