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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002192

染色体: Chr01 坐标: 38062705-38063397 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002192
名称SmilChr01G002192
描述uncharacterized SmilChr01G002192
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向38062705 - 38063397 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024300
GeneID131024300
locus_tag-
NCBI NameLOC131024300
原始查询LOC131024300

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024300

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809800.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057809800.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809800.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809800.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809800.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:38062794 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B41
Chr1:38062794 GTA G 2bp_deletion CDS_variant 1 B41
Chr1:38062884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C1
Chr1:38062918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B24,B66,B95,C40
Chr1:38062944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:38062970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C48,D7
Chr1:38063069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B77,C34,D8
Chr1:38063070 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 122 A13,A2,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B100,B102,B103,B105,B106,B108,B112,B114,B119,B120,B124,B127,B128,B132,B133,B135,B137,B14,B15,B16,B2,B20,B21,B24,B25,B26,B3,B35,B38,B39,B41,B42,B44,B53,B54,B55,B58,B59,B6,B63,B66,B67,B69,B7,B71,B73,B74,B75,B77,B78,B79,B84,B88,B89,B9,B93,B95,B97,B98,C1,C11,C16,C18,C19,C21,C22,C25,C26,C28,C3,C30,C31,C33,C34,C37,C40,C44,C46,C47,C5,C50,C53,C54,C55,C56,C57,C6,C60,C63,C64,C66,C67,C69,C71,C72,C73,C74,C77,C8,C80,C81,C82,C84,C86,C87,D1,D2,D3,D5,D6,D9
Chr1:38063248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:38063259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:38063264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B18,B31,B61,B65
Chr1:38063267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C48,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953817.1
CGCAGTGAATGGCTATATATTTCCTTTCCCATTTCATCGTATACACTCACTAGTATACAATGAAACCAAAGGCCATCTCCCAAAGGGATGTATTCTACATCCCTCCATGGTCGCGTCCGATTGAGCTCCTGCTCTTAGTAAAATTAGATTGTGCTAGAGTAGCAGGCAAATGGGTACCCGGAGATCATGTTGGCAATATGCCGGTGATCGACAGTATTCGCGATGAGTTAACAGGTCATCCGTTCTTGTTGCAAATTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024300
ATGAAACCAAAGGCCATCTCCCAAAGGGATGTATTCTACATCCCTCCATGGTCGCGTCCGATTGAGCTCCTGCTCTTAGTAAAATTAGATTGTGCTAGAGTAGCAGGCAAATGGGTACCCGGAGATCATGTTGGCAATATGCCGGTGATCGACAGTATTCGCGATGAGTTAACAGGTCATCCGTTCTTGTTGCAAATTCCAAAAGCCAAATACCATGAAAAGGTAATGGAATGGTGGACTAGATTTATTCGCTTCCACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809800.1
MKPKAISQRDVFYIPPWSRPIELLLLVKLDCARVAGKWVPGDHVGNMPVIDSIRDELTGHPFLLQIPKAKYHEKVMEWWTRFIRFHSLLKDERTWFCENTKRVFATDLSWEEIGAEKPQMLCYMEEGEANWDILKRLFYEAGMYSCSDEDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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