Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002193

染色体: Chr01 坐标: 38101451-38103341 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002193
名称SmilChr01G002193
描述uncharacterized SmilChr01G002193
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向38101451 - 38103341 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024309
GeneID131024309
locus_tag-
NCBI NameLOC131024309
原始查询LOC131024309

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs02g0328500
-
identity=30.6; qcov=0.551; evalue=2.84e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024309

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809801.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809801.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809801.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809801.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057809801.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:38102133 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B117,B66
Chr1:38102133 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 B117,B66
Chr1:38102137 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B66
Chr1:38102137 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 1 B66
Chr1:38102139 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B3,B76
Chr1:38102139 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 B3,B76
Chr1:38102159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B46,B94,C65
Chr1:38102171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B17
Chr1:38102172 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B124,B45,C37,C48,C57
Chr1:38102172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B45,C37,C48,C57
Chr1:38102173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B47,B55,C53,C61
Chr1:38102179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B111,B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953818.1
TAGGGTATACCATTTTGGAGGGAATTGGGAGCAGCTGTTGGGCGATTCACTTGTTGGACCCAAAGCGGCGGTGCACCATCGGCGCTTGTATTCGGGCTTCCGAAGCAAGTGATAAATCGTTGTATTTCAATTCTGCGCATCGCACCATGAGTGAGTCGCAGCAGCAAGGTATAGACGAAGTGCACGTCGATTTATCTTCATTTCTCCTAATATCTTGTTCGATCTTCTGCTTTGTTACCTACGAATTACGCCGTTGTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024309
ATGGCCTCGCTCAAAGAACTCGTTGCCCAAGGTTGGAAGGCGGACAACGGGTTCCGAGCAGGCTATCTAGTTAAGCTCGAGGAGTTAATGCGCAAAGAATTTCCGGGCACTGATATAAAAGGGATGCCGCATATCAATAGCAAAATAGCAGCGTGGAAAAAGAGCTACAACTCGCTGTCGTTAATGCTTGATGTTAGCGGCGTGGGGTTTAACGCGAAGGGGACGTTCATGATCGACTGCGATACTGATCAATGGCAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809801.1
MASLKELVAQGWKADNGFRAGYLVKLEELMRKEFPGTDIKGMPHINSKIAAWKKSYNSLSLMLDVSGVGFNAKGTFMIDCDTDQWQQIVKKDRNALNMRFKSWPLFDSWGDVFGKDRANGKNAEDVMEAMHKMYQADNLAQGGVYGTMPHVDEEDAATEDAEDSVCQLEKKEPTAKNSRKRRKANDDMRGVYEFLHEFGKEANARLDNLATRVGYELADRLRTTW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器