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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003031

染色体: Chr05 坐标: 37934694-37938963 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003031
名称SmilChr05G003031
描述AUGMIN subunit 4
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向37934694 - 37938963 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024321
GeneID131024321
locus_tag-
NCBI NameLOC131024321
原始查询LOC131024321

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AUGMIN subunit 4
产物AUGMIN subunit 4
ArabidopsisAT1G50710 (AUG4)
HAUS augmin-like complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841493]
identity=77.7; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0119100 (SIP9)
-
identity=52.6; qcov=0.482; evalue=1.5e-55; confidence=medium
GOGO:0051011 (microtubule minus-end binding); GO:0051225 (spindle assembly); GO:0070652 (HAUS complex)
KEGG-
PfamPF14735 (HAUS4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024321

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 0.60000 XP_057809808.1
2 Spindle Spindle 0.60000 XP_057809808.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057809808.1
4 Spindle pole Spindle pole 0.40000 XP_057809808.1
5 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057809808.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:37935054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,B9,C5
Chr5:37935392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:37936415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C4
Chr5:37938641 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 69 A10,A13,A14,A20,A21,A24,A25,A6,A7,B100,B103,B105,B12,B122,B125,B133,B135,B139,B140,B17,B18,B20,B22,B25,B30,B31,B4,B55,B61,B65,B66,B67,B70,B71,B74,B82,B86,B9,B94,B95,B97,C13,C14,C15,C17,C2,C27,C28,C3,C31,C32,C38,C40,C42,C43,C45,C5,C57,C61,C63,C68,C70,C73,C76,C77,D2,D4,D5,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809808.1
434 aa
N
1
217
434
HAUS4
C
PF14735 HAUS4 188-423 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809808.1 Pfam PF14735 HAUS4 Family 188 423 1.1e-80 271.4 HAUS augmin-like complex subunit 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953825.1
GATTATCTCGATGAAACATTTGAAAACTTCATGGGGTAACATAAGAAGCTCGAAAGCAAGTTTAAACTGCCGCTTTCTCAAAACGATGTCGTTAGGCGGCCATCTTAATTTATTTTTTTGAATGAAGGTCATCTTAATTCTTAATCCCCCATTTGAAATTGGAGGCCGGCGAGATATAAAGAAAGCGGTGAACTTGTTGGATGATGAGTAAATTGAACTCAAAGTGAAGTTGCGAGCTTAATCAATGGCGAAAATATTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024321
ATGGCGAAAATATTCGCTGCGCAAAATCTTCCGTCTGACGTCACCCAAGTTATGGATCAGCTGGAGCGCCATTGTTTGGCCCCCGACGGTTCTCTCATTTCCAAATCCACATACTACGATCTCCAACTCGCAAGAGAAGAGATGTGTAAGGAGAGGCAGCGCTATTTGGAAGCCATGGCGATTTACATAGAGGCAATTGCGATGGTGGAGGAGTACCAGCAAGCGGTTTCGGTGGCTAATTTAGGCGGCATTCACGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809808.1
MAKIFAAQNLPSDVTQVMDQLERHCLAPDGSLISKSTYYDLQLAREEMCKERQRYLEAMAIYIEAIAMVEEYQQAVSVANLGGIHDVQGLYPQLGLKSLPQVYEILEHRMVVAEAAQKLRLPLISKDGEILEEEIEKWSIVSRSSLDSTSTSVTISSSTNSTNYTNLSTVGAGTSANSPFSLGATDTSEPEVGGVPNRFLGITPAYLWQTQLQQALLSMDITEYQVLLAREIASRLDAKCDKLADAIVIDDIDSRTGHQS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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