当前解析结果
SmilChr05G003064| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003064 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003064 |
| 描述 | septum-promoting GTP-binding protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 38491519 - 38493937 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131024345 |
|---|---|
| GeneID | 131024345 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024345 |
| 原始查询 | LOC131024345 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | septum-promoting GTP-binding protein 1-like |
| 产物 | septum-promoting GTP-binding protein 1-like |
| Arabidopsis | AT5G54840 (SGP1)Ras-related small GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835574] identity=60.1; qcov=1.01; evalue=1.7e-115; confidence=high |
| Rice | Os07g0522900- identity=76.2; qcov=0.579; evalue=1.17e-95; confidence=medium |
| GO | GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00071 (Ras); PF08477 (Roc) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024345 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057809838.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809838.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809838.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809838.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057809838.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:38492407 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr5:38492421 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C75,C9 |
Chr5:38493488 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:38493551 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C75,C9 |
Chr5:38493676 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B69,B9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809838.1PF08477
Roc 107-220 aa
PF00071
Ras 107-270 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809838.1 |
Pfam | PF08477 |
Roc | Domain | 107 | 220 | 1.8e-15 | 58.0 | Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase |
XP_057809838.1 |
Pfam | PF00071 |
Ras | Domain | 107 | 270 | 1.1e-19 | 71.3 | Ras family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。