Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003112`

染色体: Chr05 坐标: 39652902-39655262 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003112`
名称	SmilChr05G003112
描述	septum-promoting GTP-binding protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	39652902 - 39655262 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024380`
GeneID	`131024380`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024380`
原始查询	`LOC131024380`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	septum-promoting GTP-binding protein 1-like
产物	septum-promoting GTP-binding protein 1-like
Arabidopsis	`AT5G54840` (SGP1) Ras-related small GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835574] identity=60.4; qcov=1.01; evalue=6.02e-116; confidence=high
Rice	`Os07g0522900` - identity=76.2; qcov=0.579; evalue=1.06e-95; confidence=medium
GO	GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding)
KEGG	-
Pfam	PF00071 (Ras); PF08477 (Roc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024380

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057809865.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809865.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809865.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809865.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057809865.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:39653281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr5:39655057`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809865.1

290 aa

145

290

Roc

Ras

PF08477 Roc 107-220 aa PF00071 Ras 107-270 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809865.1`	Pfam	`PF08477`	Roc	Domain	107	220	7.6e-16	59.1	Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
`XP_057809865.1`	Pfam	`PF00071`	Ras	Domain	107	270	5.2e-21	75.6	Ras family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953882.1
CCACAACTCCCACACCACACCCCTCAACCCCACCAGCACTTGTAAGACTATTATTACAGGTCGTGTAATTGTCAACTAACTACAACACAAACAATTCCAAACCCCATTCCTTCTTCCCCCGCGGTAGAAATTACAACACACTTAGCAGCCATGACTATTCAGAAATTCCACGATTCCACCGGAAAGATTACTCGGTTCTACCGGAAAATCATCCACGTCAACATCCGGTGGAGCATCGTTGAGAAATTCACCGTTCTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024380
ATGACTATTCAGAAATTCCACGATTCCACCGGAAAGATTACTCGGTTCTACCGGAAAATCATCCACGTCAACATCCGGTGGAGCATCGTTGAGAAATTCACCGTTCTCCGGAGGTTCTTCCGGATTATCTGGGAGAGAATTCTCGTGTGCTCCGTCAGGATGCCTAATGCTGGATACCGCCGACTCTCCACAACATCAAACTCTTCTTCTTCTTCTTCAATGGAGGCTACGGATTCCGGCTTCGGAAACAGCGATGACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809865.1
MTIQKFHDSTGKITRFYRKIIHVNIRWSIVEKFTVLRRFFRIIWERILVCSVRMPNAGYRRLSTTSNSSSSSSMEATDSGFGNSDDHGATTSSSGGYDSDSDLVSLKISILGDCEIGKTTFVIKYVGDEEEKKSLRMKGINLMDKTLHIRGARIAFRIWDVGGDGKSLHQVPIACKDAVAILLMFDLTSRCTLNSVIGWYSEARKWNQTAIPIMIGTKFDNFVQLPPDIQRAVVTQARAYAKAMKATLFFSSSTHNINVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器