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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003119

染色体: Chr05 坐标: 39730924-39731808 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003119
名称SmilChr05G003119
描述protein LHCP TRANSLOCATION DEFECT-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向39730924 - 39731808 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024386
GeneID131024386
locus_tag-
NCBI NameLOC131024386
原始查询LOC131024386

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LHCP TRANSLOCATION DEFECT-like
产物protein LHCP TRANSLOCATION DEFECT-like
ArabidopsisAT1G50900 (GDC1)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841512]
identity=79.2; qcov=0.743; evalue=2.33e-76; confidence=high
RiceOs07g0520800
-
identity=73.5; qcov=0.754; evalue=3.51e-63; confidence=high
GOGO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0009941 (chloroplast envelope); GO:0090391 (granum assembly)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024386

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057809871.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057809871.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809871.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809871.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809871.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:39731240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr5:39731286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953888.1
AGCTTTTGTTTCTAATTATCACCTATGGGGTATGGGGCCACCACTCTGATTTGTTGCTTTTAATTTCTTAGAAACTTATACATACTTTATGGTAAGATTTGATTTGTGATAATATTGATAACCGATAAGGTTTGGAGGATATGAGTAAGTGAAAAATCTGGAAATCAAGAGCGTAAATGGCATCCGTATTTCCTTGTACTCTCCAACCAAAATTCTCCCTGAATAAGTCATGTTCTACTTCAGTTGCGATTACTCGGCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024386
ATGGCATCCGTATTTCCTTGTACTCTCCAACCAAAATTCTCCCTGAATAAGTCATGTTCTACTTCAGTTGCGATTACTCGGCGTGAGTTCGTGGGTGGTTCTGCGAGAAGCATTGGATGGTGCAGCAGAAGCAGCAGCAGATTGGGTCCCAGCTGTGGTTCCAGAAGCATTTGCTGGTTTAGGTTCGGCAAGAATGGCGTTGACGCCGAAGGCGCTGGCATCTACGGCAGCCAGGGTCGCGACGATTTCGACCGCGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809871.1
MASVFPCTLQPKFSLNKSCSTSVAITRREFVGGSARSIGWCSRSSSRLGPSCGSRSICWFRFGKNGVDAEGAGIYGSQGRDDFDRDDVEQYFNYMGMLAVEGSYDKMEALLQQNIHPVDILLLMAASEADIPKIEELMRAGADYTVKDADGRTALDRAASDDVRDFILGFSVQKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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