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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003157

染色体: Chr05 坐标: 40330379-40334357 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003157
名称SmilChr05G003157
描述phosphatidylinositol 4-kinase gamma 5-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向40330379 - 40334357 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024413
GeneID131024413
locus_tag-
NCBI NameLOC131024413
原始查询LOC131024413

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol 4-kinase gamma 5-like
产物phosphatidylinositol 4-kinase gamma 5-like
ArabidopsisAT2G03890 (PI4K GAMMA 7)
phosphoinositide 4-kinase gamma 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814915]
identity=67.2; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0283400
-
identity=63.6; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00454 (PI3_PI4_kinase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024413

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057809907.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057809907.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057809907.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809907.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809907.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:40331808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B122,B99,C24
Chr5:40331878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr5:40332369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr5:40332853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B83,C52
Chr5:40332877 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B80
Chr5:40332877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr5:40332903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr5:40333098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B3,C17,C36
Chr5:40333251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C4,C60
Chr5:40333437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,A6,D10
Chr5:40333483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr5:40333503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C36,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809907.1
643 aa
N
1
322
643
PI3_PI4_kinase
C
PF00454 PI3_PI4_kinase 175-421 aa
XP_057809908.1
643 aa
N
1
322
643
PI3_PI4_kinase
C
PF00454 PI3_PI4_kinase 175-421 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809907.1 Pfam PF00454 PI3_PI4_kinase Family 175 421 5.2e-46 158.2 Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase
XP_057809908.1 Pfam PF00454 PI3_PI4_kinase Family 175 421 5.2e-46 158.2 Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953924.1
AGAATTAAAAGCGAGCCGTTTTAAGGGAAGCCAATATATAGAAAGGTAGAAAAAGAAAAAAAAGAGAATAACACAAAAATATTTTCTTTAAGTAGTATATATACGAACAGACATATCCACATATAGATATAGATATAGAGAGAGAAAGGGCTGTATAGAGAGAGAACGTACCAACAAGCAAGAAAGTAGAGGAGAGGGGTTTTGGTGGCTTGAGGGCGAAGGCGAAGACTCTACTTCGCATAAAACTCTAGCCGTTAGGC...
XM_057953925.1
AGAATTAAAAGCGAGCCGTTTTAAGGGAAGCCAATATATAGAAAGGTAGAAAAAGAAAAAAAAGAGAATAACACAAAAATATTTTCTTTAAGTAGTATATATACGAACAGACATATCCACATATAGATATAGATATAGAGAGAGAAAGGGCTGTATAGAGAGAGAACGTACCAACAAGCAAGAAAGTAGAGGAGAGGGGTTTTGGTGGCTTGAGGGCGAAGGCGAAGACTCTACTTCGCATAAAACTCTAGCCGTTAGGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131024413
ATGTCTCCTAACCTTGATAGCCCTGTTCGAACAGAGATGGCTGTGTCATTTTTCAAGAGTCCTCTTGGTGGTGGGGAGCACCTTCAAACGAATATGATGGAGAACAAACCGACTGGTAGGAGACGTGTTTTTGTGCAAACTGAGTCGGGTTGTGTGTTAGGAATGGAGTTGGACAGGAGTGACAATGCACATACTGTGAAGAGGAGGCTGCAGCTTGCCCTCAATTTTCCCATTGAAGAAAGTTCATTGACATTTGGTGA...
LOC131024413
ATGTCTCCTAACCTTGATAGCCCTGTTCGAACAGAGATGGCTGTGTCATTTTTCAAGAGTCCTCTTGGTGGTGGGGAGCACCTTCAAACGAATATGATGGAGAACAAACCGACTGGTAGGAGACGTGTTTTTGTGCAAACTGAGTCGGGTTGTGTGTTAGGAATGGAGTTGGACAGGAGTGACAATGCACATACTGTGAAGAGGAGGCTGCAGCTTGCCCTCAATTTTCCCATTGAAGAAAGTTCATTGACATTTGGTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057809907.1
MSPNLDSPVRTEMAVSFFKSPLGGGEHLQTNMMENKPTGRRRVFVQTESGCVLGMELDRSDNAHTVKRRLQLALNFPIEESSLTFGDMILKNDLSAIRKDSALLLTRNFLHRSSSTPCLSPTGRDMQQRDQSGPIEILGHSTCFAKTKNLVKEIVKGMKNGVDPLPVHSGLGGAYYFRNVRGECVAIVKPTDEEPFAPNNPKGFVGKALGQPGLKRSVRVGETGFREVAAYLLDYDNFANVPPTALVKITHSIFNVNDGV...
XP_057809908.1
MSPNLDSPVRTEMAVSFFKSPLGGGEHLQTNMMENKPTGRRRVFVQTESGCVLGMELDRSDNAHTVKRRLQLALNFPIEESSLTFGDMILKNDLSAIRKDSALLLTRNFLHRSSSTPCLSPTGRDMQQRDQSGPIEILGHSTCFAKTKNLVKEIVKGMKNGVDPLPVHSGLGGAYYFRNVRGECVAIVKPTDEEPFAPNNPKGFVGKALGQPGLKRSVRVGETGFREVAAYLLDYDNFANVPPTALVKITHSIFNVNDGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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